mfn-berlin / animalaudiogramdatabase Goto Github PK

jetzt gibt es noch ein Problem dass mich wirklich verwirrt – die Audiogramme 94 und 95 wurden fälschlicherweise dem gleichen Tier zugeordnet – ich bekomme mit dem Backend das nicht richtig zusortiert – egal welchen der Datensätze ich ändere – es wird für alle (94+ 95) der Datensatz geändert – komischerweise aber nicht das Alter des Tiere geändert – ich vermute da ist etwas in der Datenbankstruktur so aufgebaut, dass das Tier in einer separaten Tabelle steht, aber das Alter zur übergeordneten Tabelle liegt – so kriege ich die beiden Datensätze aber nicht korrigiert….?

I got the responses as csv

• I want to summarize the responses graphically
• Then discuss the "results" in the team, add some issues, maybe prioritize some existing ones
• Maybe add the graphical summary to the feedback given to the workshop participants (to encourage paticipation in the AAD)

Places to update:

• https://www.animalaudiograms.org/advanced - see also #28
• https://www.animalaudiograms.org/How-to - possibly transfer the attribute section to a separate page discussing the metadata scheme
• attributes in individual data sets (these are probably taken from the same source as in the advanced filter)

The link to the suvey https://www.umfrageonline.com/s/audiogram is not functional. If the survey is intended to be kept for gathering future feedback survey and link must be updated first. I removed this link from the AAD interface for the time being.

As the metadata scheme is written in markdown, it suggest to host it on the project's wiki, for easier editing.

Create the following fields to represent the experimental settings of the staircase procedure in better detail:

• staircase procedure type: decreasing intensity | increasing intensity
• number of reversals: integer
• final step size: single (in dB)
• initial step size: single (in dB)
• threshold determination method: one up/one down | two up/two down | one up/two down | two up/one down | other
• threshold interpolation method: linear interpolation | signal strength

after implementation: Please recheck literature and include the values
@alvarosaurus

Reported by e-mail: MD Sa 23.01, 07:34

Die Audiogramme sind zum Teil inzwei Dissertationen repliziert, bitte außer bei 315-319 beide Referenzen angeben:
296-307 Replikate von 370-380 – löschen und bei 370 – 380 die Referenz Eckart zusätzlich angeben
308-314 Replikate von 381-387 – löschen und bei 381 – 387 die Referenz Eckart zusätzlich angeben

MD: In den eigentlichen Audiogrammdaten (backend Korrektur) wäre es gut auch die Standardabweichung mit angeben zu können.

The advanced search page needs to be updated with the new labels for the metadata elements in audiogram_metadata_scheme.md.

This might also give us an opportunity to check if the labels as they are used to define the scheme can be at once used for the database interface.

MD:
2 – das audiogramm ist in dB re re 1 dyne/cm² - Konvertierung ist falsch, sollte in dB re 1 µPa sein, wird aber in dB re 20 µPa konvertiert – ist unter Wasser
8 – ist unter Wasser – genauso wie 2 – aber die Referenz stimmt auf jeden Fall nicht – ich denke es ist eher das paper von 1987 – können wir dazu nochmal telefonieren, wie wir das machen?
9 – ist unter Wasser (wie 2)
10 – Werte sind ok, sind aber +74 dB, sollte + 0 dB sein, weil dB re 0,0002 dyne/cm² =db re 20 µPa
11- das gleiche wie 10
14 – das gleiche wie 10

Previous report

• Waiting for data check, medium is probably wrong
• Check conversion script nonetheless

MD:
#2, 10, 11: Das Audiogram ist prinzipiell richtig, aber die Ref ist falsch: “Audiogram data has been converted from dB re 0.0002 dyne/cm2 (deprecated SPL reference in air) to current units.” Ich habe da verschiedene Sachen durchprobiert – es scheint, dass die Umrechnung von db re 0.0002 dB re 1 dyne/cm² und dB re 1 dyne /cm² exact zu gleichen Ergebnissen führt – das kann nicht sein – kannst Du da den Code nochmal prüfen? Bei re 1 dyne /cm² steht auch, dass das aus Luftschall gewandelt ist – das wäre auch falsch. Ich kann es nicht prüfen, aber kann es ein, dass die Werte bei re 1 dyne/cm² ca. 26 dB zu niedrig liegen? Es war aber auch als Luftaudiogramm angegeben und eventuell wird das nicht mehr ausgelesen?

Richtige Konvertierung ist:

dB re 1 µPa = dB re 1 dyne /cm² + 100 dB

dB re 20 µPa = dB re 0,0002 dyne/cm² + 0 dB

AOT:
wir haben 6 Audiogramme mit dB re 1 dyne/cm². Diese sind alle in der Luft.

2, 8, 9, 10, 11, 14

ist es dann korrekt? Zumindest der Konvertierungsansatz?

Die Papers sind eher alt, und ich habe diese nicht, aber dem Titel nach ist zumindest Audiogram 8 falsch eingeteilt (Schustermann & Moore, 1978).

Moore, P.W.B. & Schusterman, R.J. (1987). Audiometric assessment of northern fur seals, Callorhinus ursinus. Marine Mammal Science, 3(1), 31-53.

Schusterman, R.J., & Moore, P.W. B. (1978a) Underwater audiogram of the northern fur seal (Callorhinus ursinus). J. Acoust. Soc. Amer. 64, S87 (abstract). Cited in Watkins, W. A., and Wartzok, D. (1985) Sensory biophysics of marine mammals. Marine Mammal Science 1, 219-260.

Supin, A.Ya., & Sukhoruchenko, M.N. (1970) Determination of the auditory thresholds of dolphins by the conditioned galvanic skin response (Phocaena phocaena). Tr. Akust. Inst. No. 12, 194-199. (In Russian).

White, M.J., Norris, J., Ljungblad, D., Baron, K., Di Sciara, G. (1978) Auditory thresholds of two beluga whales. Hubbs/ sea World Research Inst. Tech. Rept. No. 78-109.

In the basic filter in the browse-interface the term "measurement method" is used to select either of the two main experimental approaches (behavioral and electrophysiological) while the term "measurement type" is used to select the type of measurement, i.e. auditory thresholds vs. critical ratios etc.

These terms are too similar. At least one of them should be updated to a different term (here and elsewhere in the interface) to make these categories understandable at a glance.

While the facility / site of an experiment is indicated for each record, it would be useful to offer institutional categories also for filtering and searching datasets. Proposed categories:

• research facility
• zoo
• other (uncategorized)

There could be more categories to consider.

Reported by E-Mail: MD Fr 22.01, 17:09
Can the “µPa” in the last column be expressed correctly as well? I always get something like ¼

• Add type „Equal loudness Contours“
• Document how this can be done
• Make sure the frontend filters function correctly

MD #48.49,50: Kann ich nicht korrigieren, wenn der Typ „Equal loudness Contours“ nicht verfügbar ist

Reported by E-Mail: MD Sa 23.01, 05:38

Audiograms 48, 49, 50 – we need another measurment type „Equal loudness contours” for this paper – could you send it to me, I cannot get access to this one

https://asa.scitation.org/doi/figure/10.1121/1.3518779

1. Create a text field that will contain the dietary information as a copy from the original publication.
   From all already introduced studies the content must be created and added from the original publications
2. Create a text field that will summarize the reinforcement scheme to see how reinforcement were given during the contucted study.
   From all already introduced studies the content must be created and added from the original publications

MD:
ich habe noch einige Probleme mit der Audiogrammdatenbank – zuerst würde ich gerne ein Feld haben, in dem Notizen eingetragen werden können, denn es gibt teilweise Diskrepanzen zwischen den Daten und den Grafiken (Audiogramm 5 hat eine Differenz in den Frequenzen – im Paper stehen 24 und 28 kHz als Testfrequenzen – der Graph zeigt aber 23 und 27 kHz…) Das wäre natürlich gut, wenn man dass in dem Graphen (nebenstehend) anmerken könnte.

In the table method
https://www.animalaudiograms.org/phpmyadmin/index.php?route=/sql&server=1&db=audiogrambase&table=method&pos=0

the categories visible do not agree with the choices in the field test tone from method under
https://www.animalaudiograms.org/admin/v1/edit_experiment_metadata

in the field test tone form it should say

cosine-gated tone bursts
pure tone
sinusoidal amplitude modulated tones (SAM)
sinusoidal frequency modulated tones (SFM)
multiple sinusoidal amplitude modulated tones (MSAM)

data integrity must be checked before changes sind entries may have to be moved to a different field in the data base.

EFR should not appear in that field since it is a general method.
@alvarosaurus

Reported by e-mail: MD Sa 23.01, 08:04, MD Sa 23.01, 03:55

276-274: please combine the two Species for the last two audiograsm that I send on great cormorant and this one – it is actually the same animal and we should not go down to subspecies level

174-177: change species to „Finless porpoise“ do not go down to subspecies level

Reported by e-mail: MD So 24.01, 07:16

können wir in der ersten Seite bei der Tabelle noch eine Spalte mit den infos zu „in-air / underwater“ (Medium) einblenden? Ich denke das wir etwas sein, dass viele zum Filtern suchen werden…

Docker attempts to rebuild the images, when the build targets are in docker-compose.yml
Rebuilding the images is not necessary, since the images are on Docker Hub.
These build targets have to be removed or commented-out.

Reported during AAD Workshop 25.01.2021
Rationale: show exposures of a particular animal in the past (using unique animal name as a handle)

Reported during AAD Workshop, 25.01.2021

Report null-responses (animal didn’t react to test tone) particularly to represent hearing ranges / data measured for determining hearing ranges

Originally posted by @alvarosaurus in #2 (comment) and transferred to this new issue to separate this and the original issue.

Some comments on the names used in the database scheme
This is the database scheme as it is implemented:

+--------------------------------+
| Tables_in_audiogrambase        |
+--------------------------------+
| audiogram_data_point           |
| audiogram_experiment           |
| audiogram_publication          |
| facility                       |
| individual_animal              |
| method                         |
| publication                    |
| sound_pressure_level_reference |
| taxon                          |
| test_animal                    |
+--------------------------------+

For future database implementations, please consider:

• database name "audiogrambase" is not bad, but there are datasets in the database which are not audiograms
• 'audiogram_data_point' could be just 'data_point'
• 'audiogram_experiment' could be 'experiment'
• 'audiogram_publication' is a linking table between 'audiogram_experiment' and 'publication', so should be 'experiment_publication'
• 'sound_pressure_level_reference' could be 'spl_reference'
• 'test_animal' is a linking table between 'individual_animal' and 'audiogram_experiment', so where does 'test' come from?

The general structure of the database is practical, but has limitations, for example when an audiogram is deleted, then undeleting it is not possible, as this would require a more normalized structure (as found in a CMS).

MD:
Das ändern einer Publikation ist nicht möglich?

MD

Audiogramm 9:

Hier ist immer noch etwas komisch – die Konvertierung müsste ich prüfen, aber ich gehen davon aus, dass es ein Unterwasseraudiogramm ist. Die y_achse zeigt dann aber dB re 20 µPa konvertiert von dB re 1 dyne/cm² - das macht noch keinen Sinn (von Wasser in Luft konvertiert?)

Beim Einfügen einer Literaturreferenz muss ja immer eine doi angegeben werden – was machen wir mit Daten die keine doi haben (Ältere Veröffentlichungen, Berichte, Thesis etc.) oder die noch nicht publiziert sind, aber einfließen sollen?

Reference this repo on the database landing page in the Contact & Support section as preferred way for feedback. Change the section Contact and support to:

Ask questions, report bugs, suggest corrections or additions, share your ideas regarding the AAD contents or website on our public GitHub repository.

Alternatively, you can email us: [email protected]

Rename "form of the tone" to "Test Tone Form", as this is the term used in the current metadata scheme. See also #2.

Rename "form of the sound" to "Test Tone Presentation" as this is the term used in the current metadata scheme.
Delete the entry "SAM (sinusoidal amplitude modulation)" from this facet.
Correct typo "pipe trains" to "pip trains".

I added the API (backend) and Drupal modules (Frontend) as submodules of the main repo, because when deploying, it is more practical to build separate containers from separate submodules. BTW, I will keep all issues etc in the main repo, not in the submodules' repos.

However, the database schema is a special case, because it will not be redeployed automatically on every change. So it should be possible (and simpler) to put the database schema in the main repo. Please comment.

It's not realistic to expect help on programming or UI issues. Please use the label on data issues if you wish.

The "Display details" button on overlay pages appears not to be functional, clicking it retrieves an empty page rather than the audiogram details, see for example this page: https://www.animalaudiograms.org/audiogram?layers=true&ids=253%2c186%2c187.

In den eigentlichen Audiogrammdaten (backend Korrektur) ist die Frequenz von hohen Werten nach niedrigen sortiert – können wir das umkehren? Es ist in alle Papern andersherum und erzeugt viel Aufwand das zu korrigieren. Eigentlich wäre es gut hier auch die Standardabweichung mit angeben zu können.

Suggested during the closing meeting: audiograms should show only the dB range covered by the curve. As this request conflicts with another requirement, a possible solution could be to add a button to switch views.

This conflicts with a requirement elicited on 19.02.2020 during our meeting in Stralsund: Audiograms should be comparable, so they should always show the same dB range.

Note: A request for a zoomable interface was never implemented, as too much work (a button to switch views should be much simpler to implement). In the mean time, please see usage examples for alternative ways of plotting the data: https://raw.githubusercontent.com/MfN-Berlin/HIP_audiogramdb_examples/master/usage_examples.pdf

From the protocol of meeting Stralsund 19.02.2020
MD hat den Wunsch geäußert, dass die Audiogramme Standardmäßig den gleichen dB und Frequenzbereich darstellen. Das ist nicht realisierbar, denn es ist unklar, wie diese Bereiche ermittelt werden sollen – wenn neue Daten dazu kommen, ändern sich diese Bereiche. Was aber schon realisierbar wäre ist, dass die Y-Achse immer bei 0dB Anfängt, und die X-Achse einen als sinnvoll erarbeitetes Bereich deckt. Dazu könnte eine Zoommöglichkeit realisiert werden, was bedeuten würde, dass die Audiogramme nicht als Bitmap, sondern als Vektorgrafik vom Backend berechnet werden. Anmerkung (AOT): möglicherweise realisierbar, aber sollte nach Machbarkeit und Aufwand überprüft werden.