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Official forum of openbiox, a community-driven global bioinformatics innovation collaboration group.

Home Page: https://community.openbiox.org/

License: MIT License

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flarum's Introduction

openbiox

This repo is the source code of openbiox homepage, which is based on Vue.js and Node.js.

Now, it is under the developmental status.

Project setup

yarn install

Compiles and hot-reloads for development

yarn serve

Compiles and minifies for production

yarn build

Lints and fixes files

yarn lint

Maintainer

@Jianfeng

LICENSE

Academic Free License version 3.0

flarum's People

Contributors

Stargazers

Watchers

Forkers

baohongz

flarum's Issues

openbiox 开放项目：贡献 spack 社区

Spack 是一种主要针对超级计算机（High Performance Computing，HPC）运行环境开发的科学软件包管理器（不需要管理员权限；可以获取软件最新版本；由全球众多超算服务器运维团队组成的社区支持和维护）。

目前其可以运行在 Linux 和 macOS 操作系统。它使安装科学软件变得容易。使用 Spack 可以构建具有多个版本，配置，平台和编译器的软件包，并且所有这些构建可以在同一台计算机上共存（多用户使用同一个库）。

支持的软件包名可以在这里查看
spack 包的构建格式参考

本项目主要希望贡献的资源包括但不限于各类生物信息学数据分析软件包、数据库、分析流程代码和数据文件。

主要需要贡献的内容：

源代码和功能特性完善
文档翻译和完善
软件包新建
构建软件包源代码/数据库源文件镜像（前期可以先上传至微云/百度云）

贡献方式：

在 openbiox 仓库下贡献新分支，在测试完善后 Pull request 至官方主分支

Bioconda 社区对生物信息学软件分发所贡献的成果是一个比较好的参考（17年以预印本形式发布；18年发表在Nature Method）。

openbiox 开放项目：生物信息学开源社区发展现状和主要发展模式调研负责人招募

参与人员要求：

可以是非 openbiox 成员
openbiox 成员则需要满足：未参与其他实践项目、或者参与的实践项目工作量均较少

主要内容： 在规定时间内（结合负责人实际情况和实际进展情况共同确定）对目前全球范围内的开源生物信息学社区的发展现状、主要发展模式、组织架构、潜在遇到的困难和挑战进行调研，并讨论潜在的解决方案和措施。相关内容以 opnebiox 协作组的名义整理成英文预印本文章发布。

预印本文章主要内容应该至少回答：

国内外有哪些生物信息学社区可供参加？规模如何？影响力如何？活跃度如何？
总结归纳出生物信息学社区的发展模式、组织架构、潜在遇到的困难和挑战。为后来者构建生物信息学社区提供参考
生物信息学社区在发展过程中遇到各类问题时的潜在解决方案有哪些？

playcloud 简介

旨在通过主题学习、提出问题、解决问题、终极考验等方式锻炼成员的 Linux基本操作、Git版本管理操作，积累网页服务器的运维经验、提高 Bash/R/Python 等编程语言的实践运用能力。

项目看板

https://github.com/orgs/openbiox/projects/9

团队内部交流

https://github.com/orgs/openbiox/teams/playcloud

学习资源

Linux and Shell：openbiox/playcloud#2
Web service 开发基础：openbiox/playcloud#3
静态文档/博客系统及网页服务运维基础：openbiox/playcloud#5

问题清单

Linux and Shell：openbiox/playcloud#1
Web service 开发基础：openbiox/playcloud#4
静态文档/博客系统及网页服务运维基础：openbiox/playcloud#6

本 chatroom 功能

为 playcloud 团队成员/想参与 playcloud 项目活动的非团队成员提供一个公共的交流场所

openbiox 开放项目： bioinformatics-100-days 项目负责人招募

参与人员要求：

可以是非 openbiox 成员
openbiox 成员则需要满足：未参与其他实践项目、或者参与的实践项目工作量均较少

主要内容： 在 100 天之内每天至少利用半个小时学习和更新各类生物信息学数据分析实例和代码，并至少完成 The Bioconductor 2018 Workshop Compilation 的学习和代码内容扩展与练习。

仓库地址： https://github.com/openbiox/bioinformatics-100-days

openbiox 开放项目：自然语言处理（机器学习方向）与科学文献信息提取技术学习/实践小组

数据总体上分为结构化和非结构化的数据。结构化的数据是指实体和关系的规范和可预测的组织。大部分的需要处理的数据都属于非结构化的数据。
信息提取目前已经应用于很多领域，比如商业智能，简历收获，媒体分析，情感检测，专利检索及电子邮件扫描。当前研究的一个特别重要的领域是提取出电子科学文献的结构化数据，特别是在生物和医学领域。
https://www.cnblogs.com/no-tears-girl/p/6435283.html

生物学/医学文献常常会涉及到各种复杂的实验体系和特定实验因子处理，以及经过这些处理后产生的各种复合的实验结果。

目前来看，从事相关工作的科研工作者的主要任务可以视为一个三步骤的循环：1）设计产生实验结果的方案（基于前人/自己之前的实验结果） 2）产生这些实验结果（包括准备相关前置的材料/设备或者其他资源）3）与其他科研工作者解释和交流产生的实验结果（面对面的形式、文字（科学论文）/视频等其他非直接接触的媒介形式）

对于绝大多数科研工作者来说，都需要花费大量时间阅读这些包含各类复杂反应体系和实验因子处理的科学文献（其中常常还包含各类具有误导性的或者造假性质的干扰），从中抽提取一些结构化和非结构化数据。如该文章产生的实验结果对应于哪些反应体系（细胞系、动物模型或是人体）、特定反应体系和反应条件所构成的实验处理因子的数量和种类（基因功能研究中常见的如引入突变、过表达基因、沉默基因等等）、这些实验处理因子在各类检测技术测试下的原始（如影像数据；细胞形态学；高通量测序数据的原始格式；细胞系的生存时间、增殖能力；小鼠的存活时间；肿瘤病人的五年生存时间）/处理挖掘后的实验结果（各个因子的相关性和相互作用关系；调控网络；富集程度等等）。

自然语言处理技术正在取得快速发展，使得我们自动整理和归纳科学文献所蕴含的明示或暗示的各类信息变得可能。尤其是在生物和医学领域，相关需求正在变得越来越迫切。

基于前期 openbiox 的实践项目设想，现正式招募在自然语言处理技术相关方向有特长/经验/兴趣的朋友加入 openbiox。我们在获得一定人才数量储备之后，openbiox 将正式建立自然语言处理（机器学习方向）与科学文献信息提取技术学习/实践小组，最终将负责并完成某个特定医学文献信息抽提实践项目。

申请加入方式：发送简历和申请信至 [email protected] 。

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所有希望申请加入 openbiox 的朋友

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