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Comments (35)

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

嗨,简悦有一些关于科研类网站的专门适配解析 #2103 跟这个 Feature 无关,只是提示下。

同时,简悦也有可以「变相」导入到 Zotero 的方案 #5927


不过,我对你这个 Feature 还是非常感兴趣的, 同时我也知道 Zotero 有 API 可以使用但无奈因为几乎不用户 Zotero 所以完全不知道该如何入手(帮到这部份用户) 😂

比如,你提到的 DOI 是什么?

或者能否详细说下你的操作步骤(假设简悦部分符合你的工作流时)应该如何使用,越详细越好。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

关于DOI,可以视为是一篇文章的ID,通过这个ID我们可以借助一些服务网站(如easyscholar,最近推出了自己的API)查阅到文章的元数据,如摘要,期刊(发表在哪,期刊的影响力在一定程度上可以说明文章的好坏),期刊的影响因子(通常越大,说明文章越值得阅读),发表日期(用来筛选近年来发表文献时十分有用),被引数(被引用多,说明文章影响力越大)

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

okay 我大概知道 DOI 的定义了,但... 我需要一个例子:

  1. 具体的 URL
  2. 然后告诉我哪些是 DOI,在页面的什么地方?
  3. 简悦获取到 DOI 后你(用户)接下来做什么?

也就是我需要一个非常真实的使用流程,这样我才能知道简悦如何做。

PS:之前也有一些 Zotero 用户,希望可以支持简悦,但完全没法说清楚 TA 希望的方式,只是很抽象的说简悦应该支持 Zotero (这样我只能 Get 到需求,但没法让这个功能「落地」)

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

初步的想法步骤(所有的笔记都在OB中进行管理): 浏览器检索文献->简悦阅读和标注->导出到Ob,通过DOI获取元数据,结合标签进行组织和管理(图一为OB和Zotero的连用,每个笔记内包含打开Zotero条目的链接,可以快速打开条目在Zotero中进行文献复读,图二为笔记元数据)->文献复读时(比如)在通过Dataview找到条目快捷打开关联的简悦文章进行阅读->撰写文章时给有引用需求的文章打标签后自动同步到Zotero(用于word里插入参考文献)
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第二种可能(实现和Zotero的快速关联):浏览器检索文献->简悦阅读和标注->保存到Zotero进行组织和管理->文献复读时(比如)在Zotero找到条目快捷打开关联的简悦文章进行阅读,相关笔记自动同步到Ob方便写作时进行块引用

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

图二

  1. 图二对应的 URL 是哪个?
  2. 图二的元数据就是你需要的吗?(把你需要的元数据告诉我)
  3. 我得到这个 URL 后,直接在页面上就能得到图二的这些元数据吗?
  4. 目前图二的这些内容是通过什么得到的?

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

我刚刚还没写好就误点了comment
URL就是文章的网页链接,通过URL获取这些元数据适配的工作恐怕十分复杂,还是DOI比较成熟

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

需求:期刊,年份,影响因子,摘要,这四个比较重要一些。目前通过Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出并自动更新数据到一个json文件,Obsidian的bibnotes调用数据实现

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

DOI的获取,我得承认这估计也是个麻烦事。
以爱思唯尔的文章为例(如:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1293255807000842?via%3Dihub#sec3 ), 他的DOI一般在为下图红框中的 10.1016/j.solidstatesciences.2007.04.003 ,在DOI前面加上https://doi.org/ ,可以重定向到该文章页面
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ACS和爱思唯尔类似 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acssuschemeng.0c08749
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nature的在文章末尾,但和页面链接的末尾一致 https://www.nature.com/articles/s41598-020-66039-0
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RSC的不太一样,在右侧栏里 https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2010/ce/b926144c
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from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

我想是不是可以按照这个流程实现:
保存到稍后读并进行阅读的同时,后台识别文献DOI->通过Zotero的API同步到Zotero(新建条目并添加简悦稍后读的链接,实现Zotero到简悦的连通)->等待Zotero更新元数据文件(得等一会2min?)->将元数据和Zotero的条目链接同步到简悦,实现简悦到Zotero的连通->将简悦同步到Obsidian,实现OB到简悦和Zotero的连通,好像少一个Zotero到OB,没有也行吧
通过Zotero获取文章元数据:本地Zotero通过Linter for Zotero和Ethereal Style插件更新格式化元数据,通过Better BibTex for Zotero插件更新元数据到json文件。
关于条目链接:如zotero://select/library/items/WNQ46CND,其中WNQ46CND为条目id,在导出的Json文件里有
Json文件示例:
CO2催化转化.json

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

okay 我研究下,下午时间比较零碎,我先理解你的回复后再集中提问。

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

#6465 (comment)

通过这几个例子我大概明白了,你看下我说的是是否正确?

DOI 肯定会体现在网页上,只是不同的网站位置等没有规律,同时 DOI 跟 URL 也不完全一致(你的例子中只有一例是一致的)

如果是这样的话,也算是可以解决,只是不同的网站需要不同的适配。

引申下:假设将 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1293255807000842 直接导入到 Zotero 后,它是会自动识别这些页面的 DOI 吗?


但仍有几个不理解的地方:

  1. 简悦适配了包含 DOI 的网站,你是希望在通过简悦 → Obsidian 时,包含这个网页的 DOI(简悦支持导入到 Obsidian 时设置元数据导入)

  2. 我之前说到了,目前简悦导入到 Zotero 还没有成熟的方案,所以我仍没有理解简悦、DOI、Zotero 这三者的关联,你是希望简悦调用 Zotero 的 API,类似简悦 → Obsidian 一样,将一些你(用户)需要的元数据导入?也就是我没太理解 #6465 (comment) 这段内容。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

引申下:假设将 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1293255807000842 直接导入到 Zotero 后,它是会自动识别这些页面的 DOI 吗?

对于https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1293255807000842, Zotero只能通过浏览器插件保存,会识别DOI以及摘要等其他元数据

  1. 简悦适配了包含 DOI 的网站,你是希望在通过简悦 → Obsidian 时,包含这个网页的 DOI(简悦支持导入到 Obsidian 时设置元数据导入)

DOI是基础,更重要的是通过DOI获取的能够筛选文献的其他献元数据。

  1. 我之前说到了,目前简悦导入到 Zotero 还没有成熟的方案,所以我仍没有理解简悦、DOI、Zotero 这三者的关联,你是希望简悦调用 Zotero 的 API,类似简悦 → Obsidian 一样,将一些你(用户)需要的元数据导入?也就是我没太理解 功能需求:在保存科研文章时通过DOI获取文献的元数据 #6465 (comment) 这段内容。

需要的是三个软件条目的互相连通,即我选择了任一软件中的某一条目,我可以快捷的打开另外两个软件中相应的条目。

最初设想的元数据导入的目的是, 通过将元数据导入到Obsidian(配合dataview插件)实现替代Zotero文献管理的效果,而Obsidian和简悦两者之间是可以联通的,这样就实现了文献阅读与标注,文献筛选与管理,笔记写作与检索三部分工作都在OB和简悦这两个可以互相联通的软件中进行。Zotero只保留了在Word中正式写文章时的文献插入功能。

但现在我想是否可以从Zotero的Api获取条目Key,通过组合“zotero://select/library/items/”+“key”的方式获得条目链接,并将其加入到简悦条目的元数据中,实现三者的互联互通,毕竟Zotero的文献管理还是更方便一些。
DOI的作用是,(首先声明我完全不懂代码,对于api也没有深入了解),通过Zotero的APi,将DOI传给Zotero服务器,Zotero可以自动识别DOI将对应的文章保存到我的Zotero库里,以上部分通过zotero服务器进行
PS. "并添加简悦稍后读的链接,实现Zotero到简悦的连通",这一部分我并不确定是否能实现,Zotero的API文档如下,功能还是很强大的,应该可以实现https://www.zotero.org/support/dev/web_api/v3/start

“将一些你(用户)需要的元数据导入”,我提出的方案是通过读取Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出的JSON文件进行,在上一步通过DOI保存条目到Zotero的时候,我们或许可以获得Zotero里新建条目的Key,通过这个Key去匹配JSON文件里的元数据将其导入到简悦和Obsidian中,这是Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件采用的方案。请注意,这不一定是最佳的,优势在于通过Zotero获取文献元数据已经相当成熟。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

对了,元数据还有作者,这个也是比较重要的

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

有点晕,我懂技术,也经常使用 Obsidian,但完全不使用 Zotero(仅了解它的个别功能),所以从这个前提下,我能看懂 #6465 (comment) 说的内容,但不明白。

同样,我现在遇到的问题也是其他 Zotero 用户跟我提需求时我遇到的问题一样。

其实,简悦导入的产品很多,比如:思源笔记、Obsidian、Logseq、Notion 等等十几个不止的 App 对于我来说不可能完全需要了解每个产品,我只需要了解的是:用户希望简悦(我)做到什么,仅此而已。😂

同理,Zotero 对于我来说也是如此,比如:你最开始说需要获取 DOI,好(作为开发者来说)我要了解 DOI,然后你明确的告诉我 #6465 (comment) 是什么,对我来说很清晰,非常 OK 👍

所以,保持这个节奏,我的疑惑很简单,即我只需要了解一个真实的使用流程,如:

打开任意一个文献类的 URL → 进入阅读模式 → 在阅读模式中显示作者、DOI 等关键信息,然后我就不知道你(用户)想要什么了,所以你希望的下一步是...

  1. 导入到 Obsidiian?
  2. 导入到 Zotero?

导入时,如果是 ➊ 的话,你需要简悦什么?如果是 ➋ 的话,你需要简悦什么?仅此而已,很简单是吧~


我不需要用户是否了解 API、技术这些,我只需要知道用户明确的使用流程,因此才知道简悦缺少什么以及是否可行。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

有点晕,我懂技术,也经常使用 Obsidian,但完全不使用 Zotero(仅了解它的个别功能),所以从这个前提下,我能看懂 #6465 (comment) 说的内容,但不明白。

同样,我现在遇到的问题也是其他 Zotero 用户跟我提需求时我遇到的问题一样。

其实,简悦导入的产品很多,比如:思源笔记、Obsidian、Logseq、Notion 等等十几个不止的 App 对于我来说不可能完全需要了解每个产品,我只需要了解的是:用户希望简悦(我)做到什么,仅此而已。😂

同理,Zotero 对于我来说也是如此,比如:你最开始说需要获取 DOI,好(作为开发者来说)我要了解 DOI,然后你明确的告诉我 #6465 (comment) 是什么,对我来说很清晰,非常 OK 👍

所以,保持这个节奏,我的疑惑很简单,即我只需要了解一个真实的使用流程,如:

打开任意一个文献类的 URL → 进入阅读模式 → 在阅读模式中显示作者、DOI 等关键信息,然后我就不知道你(用户)想要什么了,所以你希望的下一步是...

  1. 导入到 Obsidiian?
  2. 导入到 Zotero?

导入时,如果是 ➊ 的话,你需要简悦什么?如果是 ➋ 的话,你需要简悦什么?仅此而已,很简单是吧~

我不需要用户是否了解 API、技术这些,我只需要知道用户明确的使用流程,因此才知道简悦缺少什么以及是否可行。

首先导入到Zotero,并从Zotero获取元数据和Zotero条目链接到简悦,随后将元数据和条目链接同步到Obsidian

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

导入到Zotero,并从Zotero获取元数据

可能需要 Zotero API 可能有点「麻烦」,之前也是卡壳在这里。

元数据都需要哪些?

Zotero条目链接到简悦

具体如何「链接」?

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

需求:期刊,年份,影响因子,摘要,这四个比较重要一些。目前通过Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出并自动更新数据到一个json文件,Obsidian的bibnotes调用数据实现
对了,元数据还有作者,这个也是比较重要的

元数据如上
链接如下

但现在我想是否可以从Zotero的Api获取条目Key,通过组合“zotero://select/library/items/”+“key”的方式获得条目链接,并将其加入到简悦条目的元数据中
同时把简悦条目的链接同步到Zotero条目的元数据中

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

或者简而言之

需要的是三个软件条目的互相连通,即我选择了任一软件中的某一条目,我可以快捷的打开另外两个软件中相应的条目。

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

元数据

我大概知道了,细节到时候会再跟你讨论。

从Zotero的Api获取条目Key,通过组合“zotero://select/library/items/”+“key”的方式获得条目链接

这个 Key 是什么?如何得到zotero://select/library/items/”+“key 你之前提到的 如zotero://select/library/items/WNQ46CND,其中WNQ46CND为条目id 所以 WNQ46CND 是 Zotero 生成的?还是某个文献(URL)特有的?类似 DOI?

我的意思是:

打开一个 URL → 进入阅读模式 → 如果简悦得到了这个 Key,理论上就应该可以通过 zotero://select/library/items/”+“key 唤启 Zotero 就能实现你的想法?


或者换个角度说,假设没有简悦,你是如何做这套流程的?你之前有写流程 👍 但对于一个完全不了解 Zotero 的人来说还是有些费力(不了解的术语太多) 😂

其实最开始的提问你已经描述的很清楚了,因为我不太了解 Zotero 用法,所以只是需要将下面这段文字用录屏的方式表达一下。(黄色标注部分),下图是个截图

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from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

关于key,即Zotero条目ID,具有唯一性

“将一些你(用户)需要的元数据导入”,我提出的方案是通过读取Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出的JSON文件进行,在上一步通过DOI保存条目到Zotero的时候,我们或许可以获得Zotero里新建条目的Key,通过这个Key去匹配JSON文件里的元数据将其导入到简悦和Obsidian中,这是Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件采用的方案。请注意,这不一定是最佳的,优势在于通过Zotero获取文献元数据已经相当成熟。

关于录屏,我实现不了啊,咋录屏

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

之前就是在Zotero内做笔记,通过Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件将笔记导出到Obsidian,导出的笔记中自带Zotero条目链接即文献其他元数据

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

说一个类似的操作吧,Research Rabbit通过APi实现和Zotero的相互同步
可以实现通过API和DOI将文献添加到Zotero,同时也可以将Zotero条目的元数据同步到Research Rabbit
https://github.com/Kenshin/simpread/assets/61086637/0ecacc12-f48e-4b9b-aae8-fda9ab475b3d

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

打开一个 URL → 进入阅读模式 → 如果简悦得到了这个 Key,理论上就应该可以通过 zotero://select/library/items/”+“key 唤启 Zotero 就能实现你的想法?

关于条目链接,这样可以从简悦打开Zotero,还差一个把简悦的条目链接同步给Zotero以实现从Zotero打开简悦

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

#6465 (comment)

有点意思,我研究研究 👍

#6465 (comment)

对应的就是 这个图 的效果吗?

关于录屏,我实现不了啊,咋录屏

你不是录制的很好嘛 😂

PS:你使用的是 Zotero 版本是什么?

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

Zotero7, 我是说我实现不了你“黄色标注部分”文字

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

对应的就是 这个图 的效果吗?

不太一样,他们是互相同步,但我在选中Rabbit的条目后无法一键打开对应的Zotero条目,只能在复制标题或者DOI回到Zotero中去搜索。同样,在选中Zotero的条目后,我也无法一键打开Rabbit去查看相关文献(这是Rabbit的核心功能)。对于Zotero和简悦,我期望他们在实现元数据同步的同时可以互相一键打开对应条目。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

从Obsidian一键打开zotero示例,Zotero自带了导出模板,复制粘贴即可轻松获得条目和笔记链接

视频中对应的粘贴内容:“Supplementary Figure 2. Comparison of IR spectra of fresh Cu/UiO-66-a, Cu/UiO-66-b, and UiO-66 showing the decrease in intensity of OH groups (3671 cm-1) on the Zr6 nodes. The results suggest that the Cu species interact with the O” ([Zhu 等, 2020, p. 12](zotero://select/groups/2870540/items/FM8BQEW8)) ([pdf](zotero://open-pdf/groups/2870540/items/7NWGWQTS?page=12&annotation=LG8UYIY8)) 🖌️补充图 2.新鲜 Cu/UiO-66-a、Cu/UiO-66-b 和 UiO-66 的红外光谱对比图,显示 Zr6 节点上 OH 基团(3671 cm-1)的强度降低。结果表明,Cu 物种与 Zr6 节点上的 O🖌️ #test

compressed_QQ2024425-155622.mp4

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Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

okay 这次很清晰 👍 留意下面我的截图问题

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from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

okay 这次很清晰 👍 留意下面我的截图问题

image

对, 视频中是直接复制粘贴,也可以通过Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件自动更新

compressed_QQ2024425-16267.mp4

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Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

对, 视频中是直接复制粘贴

我测试了复制粘贴,跟你的效果不一样,我粘贴,你是使用了某些 Zotero 插件吗?(而且明显你在粘贴的时候是带有 URL Scheme 的)

Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)

这个我稍后了解下,因为视频很清晰了,所以应该没有什么特别的疑问。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

从Obsidian一键打开zotero示例,Zotero自带了导出模板,复制粘贴即可轻松获得条目和笔记链接

官网介绍, 这是我用的模版:

{{highlight}} {{citation}} {{comment}} {{if tags}} #{{tags join=' #'}}{{endif}}

compressed_QQ2024425-164325.mp4

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Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

#6465 (comment)

okay 明白了 👍

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

我考虑下这套流程,其实你提到了两个问题:

  1. DOI 相关
  2. 让简悦的标注与 Zotero 的标注实现互通

你的想法:如果可以让简悦读取 DOI 然后得到你需要的这些元数据,同时简悦还具有标注和导入到 Obsidian 功能,这样就可以替代 Zotero 了?


Zotero 7 自身就带有标注系统,所以这部份的功能跟简悦「重叠」了,但 Zotero 在抓取文章(非期刊类)的效果明显不如简悦,所以简悦用户可以使用 #5927 来弥补 Zotero 抓取文章的不足。

from simpread.

hujie12306 avatar hujie12306 commented on May 20, 2024

我比较需要的是,“可以互相一键打开对应条目”,可以先不要具体到一个标注,我期望的是三个软件的条目保持一致,可以互相快速打开对应条目。
我更倾向于用简悦去标注网页,因为可以方便的使用简悦的插件和浏览器的插件,而且zotero的标注检索做的很烂,通常要在ob中进行,但两者的同步其实相当麻烦,比如我一直用的“BibNotes Formatter (for Zotero)”,已经一年没更新了,现在和新版的Ob并不十分适配。而简悦和OB的同步做的比较好了。

from simpread.

Kenshin avatar Kenshin commented on May 20, 2024

#6465 (comment)

okay 我研究下这套流程,有需要随时再沟通。

PS:我之前说过 Zotero 的简悦用户不少,也提了各种需求,但都没办法说清楚具体应该怎么做。😂

from simpread.

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