¿ Se puede utilizar LightDock para "protein - ligand docking" ? about lightdock HOT 2 CLOSED

Hola @tochu-cha !

Gracias por tu interés en LightDock y por el esfuerzo de escribir en español :-)

LightDock no está preparado para protein-ligand docking, entendiendo ligand como small-ligand, cofactors, etc., aunque con un poco de hacking sí que podría llegarse a hacer (aunque posiblemente para ello ya hay otros software mucho mejor preparados y probados para esa tarea).

En cualquier caso, si quieres explorar cómo hacer el docking de 2gz7, hay algunas consideraciones a tener en cuenta:

• LightDock utiliza ProDy para calcular ANM (backbone flexibility) y no está preparado para small-ligand: no debes utilizar el flag -anm (esto ya lo has hecho).
• DFIRE no admite química que no sea uno de los 20 animoácidos estándar, pero puedes utilizar otro force-field (scoring function).

En la carpeta scoring del código fuente de LightDock encontrarás la implementación de las diferentes scoring functions. Por flexibilidad y posibilidades, creo que podrías intentar modificar cpydock, que es la implementación de la función PyDock en LightDock. PyDock utiliza internamente el force-field de Amber94: amber.py, solvation.py y vdw.py.

Si añades lo necesario en esos ficheros para que D3F quede parametrizado, LightDock podría llegar a leer las diferentes cargas y hacer la simulación de docking.

En cualquier caso, esto solo resolvería parcialmente uno de los problemas: se trataría de una simulación de docking bound ya que no contarías con flexibilidad en ninguna de las dos moleculas (no habría minimización en el espacio de torsión de D3F, etc.). Pero si estás decidido a experimentar y consigues hacer las modificaciones, estaremos encantados de añadir tu código al repositorio de LightDock.

Muchas gracias de nuevo, ありがとうございました、しつれいしました

from lightdock.

Otra opción podría ser añadir otra scoring function a LightDock, por ejemplo DLIGAND2.

from lightdock.