080_download-gatk-bundlesのバリエーションデータについて about ngsdat2 HOT 3 OPEN

まず、issueへの対応が大幅に遅くなっていることをお詫びします。順次すすめていきます。また、お返事・対応の順番が前後することをお許し下さい。

p71の080_download-gatk-bundles.sh の件について。

いろいろパブリックデータの場所が変化することもあり、完全に対応がむずかしくなっています。とくにGATK関連は体制がかわるごとに変化が激しいようです。

提示戴いたGATKのページ中程にある”Owned by the Broad Institute"以下のリンク gcp-public-data--broad-references に行きますと、hg38/v0ディレクトリ以下にHomo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.gz と*.tbiファイルがあります。dbSNPのバージョンは下がってしまいますが、これで代用できないでしょうか？

実際にはお手元のコンピューターへのダウンロードど、スクリプト内のファイル名の書き換えが必要になると思います。

from ngsdat2.

回答ありがとうございます。

アドバイスいただきました通り、Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.gzをDLし、090を実行した後、#19の質問に対する回答にあったように、gatk-4.1.2.0をDLしなおして100を実行いたしました。
ところが、#19の方と同じエラーが出て、処理が進みません。
ご多用とは存じますが、アドバイスをいただければ幸いです。

Exception in thread "main" java.lang.IncompatibleClassChangeError: Inconsistent constant pool data in classfile for class org/broadinstitute/hellbender/transformers/ReadTransformer. Method 'org.broadinstitute.hellbender.utils.read.GATKRead lambda$identity$d67512bf$1(org.broadinstitute.hellbender.utils.read.GATKRead)' at index 65 is CONSTANT_MethodRef and should be CONSTANT_InterfaceMethodRef
at org.broadinstitute.hellbender.transformers.ReadTransformer.identity(ReadTransformer.java:30)
at org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool.makePreReadFilterTransformer(GATKTool.java:345)
at org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool.getTransformedReadStream(GATKTool.java:374)
at org.broadinstitute.hellbender.engine.ReadWalker.traverse(ReadWalker.java:93)
at org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool.doWork(GATKTool.java:1039)
at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.runTool(CommandLineProgram.java:139)
at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMainPostParseArgs(CommandLineProgram.java:191)
at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:210)
at org.broadinstitute.hellbender.Main.runCommandLineProgram(Main.java:162)
at org.broadinstitute.hellbender.Main.mainEntry(Main.java:205)
at org.broadinstitute.hellbender.Main.main(Main.java:291)

from ngsdat2.

gatk-4.1.2.0をgatk-4.2.0.0にしたら、動き始めました。これで様子を見てみたいと思います。

from ngsdat2.