anthonyjaquaniello / projet_long Goto Github PK

Pour installer les packages nécessaire au fonctionnement, créezun environnement conda à partir du fichier projet_long.yml : conda env create --file projet_long.yml Il est également nécessaird d'avoir installé chromosight disponible sur le dépôt Github : https://github.com/koszullab/chromosight

Le script à lancer est le script pipeline_final.sh. Si ce dernier n'est pas exécutable, utilisez chmod +x pipeline_final.sh. Les arguments à entrer sont les suivants :

• Un fichier .txt (ex : hic.txt) contenant un SRR (numéro d'accession Short Read Archive) d'une expérience de HIC, par ligne
• Un fichier .txt (ex: chip_seq.txt) contenant un SRR d'une expérience de ChIP-Seq (avec immunoprécipitation), par ligne
• Un fichier .txt (ex: input.txt) contenant un SRR d'une expérience de ChIP-Seq (sans immunoprécipitation), par ligne
• Un répértoire où l'arborescence des analyses sera construite
• Un répértoire où se situe les fichiers fasta des chromosomes de levures

• Attention pour les deux derniers agruments, à la fin du chemin absolu, ou relatif ne pas mettre de '/'
• Attention pour le dernier argument, les fichiers dans le répértoire doivent avoir l'extension .fasta, et non pas .fa ou .faa

./pipeline_final.sh hic.txt chipseq.txt input.txt /home/anthony data

• HIC/results/SRRXXXXXXX/ : cartes de contacts pour chaque chromosome
• HIC/results/SRRXXXXXXX/ : barplot d'enrichissement final