The onekeybinmap's intro from biomarble

onekeybinmap's Introduction

分析环境准备

建立分析环境

mamba create -n linkageMap ncurses=6.3  python=2.7 numpy pillow openjdk mstmap r-ggplot2 r-qtl r-rlecuyer r-snow perl-getopt-long csvtk ngsep

激活环境

conda activate linkageMap

切换目录

cd /mnt/d/workshop/6.genetic_map/inbred

Bin的构建

Bin的构建使用SNPBinner软件，软件适用于各种F2/RIL群体。

安装snpbinner

git  clone https://github.com/solgenomics/snpbinner
python SNPbinner/setup.py

一键式snpbinner

perl scripts/snpBinnerCommands.pl  -i data/demo.inbred.vcf  -F  BY804  -M  B73  -od BinResult

结果文件

文件夹
0.input	转换后的snpbinner输入文件
1.bin	SNPbinner的crosspoint分析与bin划分结果
2.plot	每个样本在每个连锁群的bin和crosspoint的可视化结果
3.final	最终的bin基因型文件(binGeno)和bin信息文件(binInfo)

遗传图谱构建

MSTmap

MSTmap是一款经典的遗传图快速排序软件。

一键式分析

perl scripts/runMSTmap.pl  -g BinResult/3.final/all.binGeno.csv  -info BinResult/3.final/all.binInfo.csv -miss 0.5 -pcut 0.001  -pop RIL6 -od MapResult

结果文件

文件	含义
MST.map.txt	最终的map文件
filter.all.pvalues.csv	每个标记的基因型计数，偏分离显著性，缺失率等
filter.valid	最终构建遗传图谱使用的标记名称列表
LG.*.MSTmapIn.txt	每个连锁群的MSTmap输入文件
LG.*.MSTmapOut.txt	每个连锁群的MSTmap输出结果文件

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