# quick start
nextflow run main.nf \
    --reads 'fq_dr/*_R{1,2}.fastq.gz' \ # *通配样品名称
    --outdir result_dir \
    --known_vcf known.vcf.gz \ # 已知 snp 位点 vcf 文件，需要建立索引
    --data_type exome \ # 数据类型 [exome, reseq, rnaseq]，默认为外显子数据
    --run_snp \ # 运行整个 snp 分析流程， 建议按照 run_fastp, run_align, run_snp 顺序依次运行
    -profile slurm,conda \ 
    -resume