CRData
├── BC_Attached ## output of 01_batch_attachBarcodes.py
│   └── 31GEX
│       ├── 31GEX_ATTGGCGT_L003_R1.fastq.gz
│       ├── 31GEX_ATTGGCGT_L003_R2.fastq.gz
│       ├── 31GEX_CGCCATCG_L003_R1.fastq.gz
│       ├── 31GEX_CGCCATCG_L003_R2.fastq.gz
│       ├── 31GEX_GCAACAAA_L003_R1.fastq.gz
│       ├── 31GEX_GCAACAAA_L003_R2.fastq.gz
│       ├── 31GEX_TAGTTGTC_L003_R1.fastq.gz
│       └── 31GEX_TAGTTGTC_L003_R2.fastq.gz
├── BGI ## original BGI data
│   └── 31GEX
│       ├── V300079632_L03_1_31GEX_1.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_1_31GEX_2.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_2_31GEX_1.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_2_31GEX_2.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_3_31GEX_1.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_3_31GEX_2.fq.gz
│       ├── V300079632_L03_4_31GEX_1.fq.gz
│       └── V300079632_L03_4_31GEX_2.fq.gz
├── Converted ## output of 02_run_convertHeaders.py
│   └── 31GEX ## can take this as input of cellranger
│       ├── 31GEX_S1_L003_R1_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S1_L003_R2_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S2_L003_R1_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S2_L003_R2_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S3_L003_R1_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S3_L003_R2_001.fastq.gz
│       ├── 31GEX_S4_L003_R1_001.fastq.gz
│       └── 31GEX_S4_L003_R2_001.fastq.gz