fisicatre / gwas_tools Goto Github PK

"It would be interesting to list also the top 5 or 10 channel names and their corresponding rho values this might help identify the physical location or give ideas if one needs to combine the motion in two different places to explain the scattered light."

Io farei pure:

• un print di output.yml (o solo dei top 5-10) alla fine dell'analisi, senza che ogni volta devi aprire il file
• metterei i risultati di minigwas in una cartella del tipo target_channel_gps

For gwas, if --preprocess is sum or difference, all the channel in the channels file are added or subtracted together.

1. modificare funzione in scattered_light.py per poter dare in input --inj_file path/chirp.txt per poter caricare dati del chirp, da sovrapporre al target channel (DARM) contenente SL (va saputo gps di dati con SL)

2. In base ai plot predictor vs IA, decidere quali IMF sottrarre dal target channel, e poi fare omegagramma dei dati sottratti

3. Dopo aver sottratto il modo (la IMF) più correlata, e aver verificato che omegagramma viene pulito (senza archi) salvare oltre alle IMF anche il file di dati del target channel "ripulito" (verrà usato per parameter estimation, e per verificare che la subtraction abbia funzionato).

Verificare la parte di codice che fa la controprova: omegagramma o q transform con sovrapposto il predictor.

Con gwpy si può usare questo codice per fare la Q transform:

plot = Qtr.abs().plot(figsize=[16, 4], norm="log")
ax = plot.gca()
ax.set(yscale='log',ylabel='Frequency [Hz]', title=LTS.channel.name)
ax.grid(True, axis='y', which='both')
cax = ax.colorbar(cmap='viridis', vmin=5)
cax.ax.set_ylabel('Normalized energy',rotation=270,labelpad=15)
plot.show()

Qtr = LTS.q_transform(qrange=(10,20), outseg=(gps-40,gps+80), frange=(8,64), tres=.1,fres=.1)

Al momento vengono salvate le IA nel file .imf, se possibile salverei le IA in file .IA mentre nel file .IMF salverei proprio le IMF, perché si possono usare dopo l'analisi per fare la HHT come controprova.

Add SLURM support.

Add an option to choose if run jobs with condor or slurm.

Add a new option for gwas_glitch, to retrieve GPS times from gspy or from a custom file.

Ideally, --gspy <(0|1)>, and --custom_gps <gps_file,(freq_file|string|float)>.

gps_file can have two columns (gps and freq). If only one column (gps), another input must be provided (file with freqs, single float, or string (max, min)).

If --custom_gps is provided, --gspy is ignored.

1. Aggiungere come input:

• parametri di tvf-EMD (spline order, btresh)
• singolo canale ausiliario da poter analizzare (invece di dover passare un file con il nome del canale anche se è uno solo)

2. Poter fare la combo con IMF scelte a mano

3. Poter plottare lo spettro di Fourier del target channel con sovrapposto lo spettro delle IMFs, aiuta per scegliere parametri giusti di tvf-EMD

• Controllare se si può correlare e/o plottare l'IMF non normalizzata

• Controllare funzioni il plot dell'omegagramma

Possibility to pass a parameter to position the time of the event on the x axis.

For example, something like x_event that can assume the values: start, middle, end