Это вольный перевод семинара DGE_workshop. В процессе перевода никаких изменений в содержание курса не вводилось. К ключевым терминам прикреплены ссылки на интернет ресурсы с пояснениями

Репозиторий содержит обучающие материалы 1.5-дневного практического семинара Введение в анализ дифференциальной экспрессии генов, DGE. Семинар познакомит участников с анализом дифференциальной экспрессии генов по количественным результатам RNA-seq с использованием R/RStudio. Семинар проведет участников через выполнение рабочего процесса анализа дифференциальной экспрессии генов на данных подсчета РНК-секвенирований с использованием R / RStudio. Требуются рабочие знания языка программирования R или завершение Introduction to R workshop.

• Контроль качества (QC) численных данных с использованием Метода Главных Компонент (PCA) и иерархической кластеризации
• Использование DESeq2 для определения списка достоверно различающихися генов
• Визуализация паттернов экспрессии дифференциально экспрессирующихся генов
• Функциаланьный анализ списков генов с использованием инструментов языка программирования R

Эти материалы разработаны для семинара с преподавателем, но могут быть использованы и для самостоятельного обучения.

Ссылки на лекции:

• Обзор и запуск анализа дифференциальной экспрессии на уровне генов
• Нормализация числа прочтений в DEseq2

1. Загрузите наиболее свежие версии R и RStudio на устройство Инструкция на YouTube:

• R
• RStudio

2. Установите следующие пакеты как показано в инструкции ниже.

NOTE:  При установке пакетов, при необходимости сделать выбор (a/s/n) или (y/n), вводите “a” или "y", но знайте, что в таком случае на установку потребуется больше времени.

(a) Установите на устройство пакеты из репозитория CRAN. Вам не нужно обращаться к странице CRAN в интернете, просто используйте эти функции для установки каждого пакета по очереди:

install.packages("имя_первого_пакета_в_кавычках")
install.packages("имя_второго_пакета_в_кавычках")
и т.д. ...

Пакеты для установки из CRAN (учтите, что названия пакетов чувствительны к регистру!):

• BiocManager
• RColorBrewer
• pheatmap
• ggrepel
• devtools
• tidyverse

(b) Установите указанные ниже пакеты из репозитория Bioconductor, используя функцию BiocManager::install() 7 раз для 7 пакетов:

BiocManager::install("имя_первого_пакета_в_кавычках")
BiocManager::install("имя_второго_пакета_в_кавычках")

Имена пакетов из Bioconductor (все имена чувствительны к регистру!):

• DESeq2
• clusterProfiler
• DOSE
• org.Hs.eg.db
• pathview
• DEGreport
• EnsDb.Hsapiens.v86
• AnnotationHub
• ensembldb

3. В конце проверьте, что все пакеты установлены успешно, просто загрузив их друг за другом с помощью функции library().

library(DESeq2)
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
library(pheatmap)
library(ggrepel)
library(clusterProfiler)
library(DEGreport)
library(org.Hs.eg.db)
library(DOSE)
library(pathview)
library(tidyverse)
library(EnsDb.Hsapiens.v86)
library(AnnotationHub)
library(ensembldb)

4. Как только загрузили пакеты, запустите функцию sessionInfo().

sessionInfo()

These materials have been developed by members of the teaching team at the Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC). These are open access materials distributed under the terms of the Creative Commons Attribution license (CC BY 4.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.