ROADMAP

April 29th

• PCA of species composition: higher LCBD sites in periphery, should see distinct species assemblages (or dbRDA)
• Variation by years, month, or season
  • 5 year segments, bi-annual divisions, etc.
  • TBI or other species gains vs losses measures
  • BC plots comparing biogeographic regions
• dbRDA to investigate vertical delimitation in the Prairies
• IUCN distribution maps to limit farther predictions
• Kriging & visualization of prediction error
• LCBD on moving windows
• Embarcadero
  • Prediction for NE zone
  • Map uncertainty
  • Variable importance + spatial/temporal importance

April 13th

• Extract 2 areas of interest
  • Calculate LCBDs separately
  • Histogram2D for LCBD-richness relationship
• Randoms Forests on species richness
• Start article draft
• Supp.mat
  • Variable importance: 60sp x 30 vars matrix
  • Model evaluation: Scatter plot of ordered AUC values

Previous

• Clarify eBird data extraction (#11)
• First article outline
• Moving window on LCBD values
• Use LabelledArrays.jl
• Improve parallelized function calls
• Drop GBIF dependency and overloads support?

Housekeeping

• Combine .gitignore files in folders in the main one
• Fix script order & naming
• Archive or move random forests scripts away
• Archive or move moving windows scripts away
• Remove file backups
• Remove non-version-controlled files (except ones with zip archive)
  • Set verify_jld(; extract=true) as default
• Remove useless rare species figures
• Remove old commented codes

À faire - Présentation comité-conseil

Pour #7

Introduction & Objectifs

3-4 diapos sur objectifs

• Plan présentation?
• Première diapo: ajouter sources financement, photos parulines, affiliation?
• Slide presentation objectifs/spoilers: grossier figures, réorganiser texte
• LCBD discontinues
  • Exemples à utiliser: Legendre & De Cacères 2013, Poisot et al. 2017
• Données disponibles: réarranger, développer un peu
• Objectifs: réarranger figures, ajouter flèches ou plus, combiner avec pourquoi méthode intéressante
• Présentation données eBird & WorldClim: screenshot entrée observation OU enlever et jumeler avec structure données eBird
• Scénarios changements climatiques

Méthodes & Résultats Préliminaires

10 minutes sur résultats préliminaires

• Figure SDM:
  • Changer légende single-sp_raw avec Inkscape?
  • "Environmental adequability" au lieu de "Probability of occurrence"
  • Ramener probabilités à pourcentage relatif? Au moins me préparer à répondre à quelque chose comme ça.
  • Répéter « sans seuil »
  • Titre en haut, un peu détaillé mais pas trop
• Figure relation
  • Enlever ombre/contour sur figure relation
  • Dédoubler diapos
  • Changer couleur pour vert? Opposé donc plus contrastant
  • Tourner légende
  • 63 vs 62 espèces?

Points suite à pratique labo

• Traduire en anglais
• Enlever BIO2 & autres dans tableau
• BIOCLIM: refaire figure classique en retirant modèle HABITAT
• Arranger format tableau (look plus scientifique)
• Fin présentation
  • Ajouter pistes discussions (classer comme points à corriger dès maintenant, points à explorer, etc.)
  • Focus sur démarche exploratoire
  • Amener discussion sur ce que je veux
• À investiguer
  • Corrélation population humaine
  • Effet modèle avec absences sur Mexique

Commentaire pratique perso

• Informative approach
• Richesse: + élevée au Mexique que côte Atlantique malgré manque échantillonages
• Échec identification au centre, pertinence changer échelle & résolution
• Pas trop accent sur types méthodes
• Reminder --> à repositionner?
• Séparer température vs précipitation
• Transition vers richesse spécifique
• LCBD fait ressortir extrêmes, on peut s'y attendre selon théorie, mais pas observée en pratique
• Nombre d'espèces maximum moins élevé au Mexique qu'ailleurs
• Discussion: validité des résultats, déplacer pertinence
• Meth apprentissage machine & influence variables
• Données pour validation
• Scénarios changements climatiques
• Tableau 1 : mentionner que complete checklists

Autres

• Échéancier
• Références

À discuter

• Seuil
  • Pas fait dans majorité analyses, pcq: enlève observations extrêmes, mais justement celles qu'on cherche --> Besoin définir intérêt principal étude = choisir si on s'intéresse à extrêmes ou non (prédiction sites centraux devrait rester à peu près la même, mais LCBD devrait changer)
  • À appliquer par variables, pas sur score général
• (Préparation) Biais spatial eBird + biais taxonomique --> je me fie beaucoup à Johnston et al., le relire pour être solide? Trouver autres articles
• Général
  • Difficulté à concilier fait que projet d'analyse/méthodes, mais que analyses préliminaires vraiment pas bien raffinées --> J'imagine qu'il faut que je vois que c'est ça le projet justement?
  • Quelle approche emprunter? Est-ce que je peux poser des questions sur comment on devrait améliorer le projet (donc soulever faiblesses), ou est-ce que seulement une évaluation du projet?
  • Pertinence du point de vue ornithologie

À arranger par après

• Duplication codes pour single-species-sdm
  • Ramener à un seul script (mais problème avec restriction à zone intérêt vs modèle sur ensemble)
  • Ramener à une seule fonction parallélisée
• Arranger parallélisation scripts SDM

À faire

Pour #3

Intro

• SDM:
  • Développer définition & potentiel
• Données
  • Développer sur jeux données
  • Exemple application
• Pertinence
  • Développer sur manque données & pertinence
  • Développer sur scénarios IPCC
• Hypothèse
  • Ajouter ~ hypothèse sur possibilité prédiction sites exceptionnels
  • Contraster avec résultats qui montrent surtout extrêmes
  • Mentionner terme hotspots

Métho

• Collecte données
  • Argument pour Parulines
  • Argument pour Amérique du Nord
  • Développer 1-2 phrases sur WorldClim
  • Opinion Hijmans sur résolution
• Manipulation
  • Transformation ???
  • Citation package Julia
• BIOCLIM
  • Reformuler intro à BIOCLIM
  • Faire réviser pour clarté
• LCBD
  • Rien 🎉
• Validité prédictions
  • Citations pour méthodes
• Méthodes alternatives
  • Point 1: reformuler, brève description méthodes
  • Point 2: reformuler JSDM, retravailler finale
• Changements climatiques & IPCC
  • Raccourcir certaines phrases

Résultats préliminaires

• Brouillon à faire rapidement
  • Formuler en résultats principaux
  • Predictions pour habitats pauvres en espèces
  • Relation LCBD-richesse confirmée
• Retravailler texte
  • Enlever mention effet bordure

Annexes

• Tableaux
  • WorldClim: mettre à la fin?
  • Variables: tableaux exemple + résumé?
  • Données Canada-ÉU-Mexique?
  • Mise en forme: simple interligne
• Figures
  • Refaire figures sans titre (peut-être en png?)
  • Arranger mise en page avec LaTeX
  • Écrire meilleurs titres
  • sp_raw : mettre NaN en backgroud
  • sp_sdm : recadrer coordonnées, considérer refaire sans threshold
  • richness : arranger axes
  • lcbd : confusion avec hellinger
  • relationship: combiner deux séries sur même figure
  • relationship: faire LCBDrelmoy/richesse
  • densité: ajouter avec fct dans SimpleSDMLayers

Autres

• Préparation liste points dont on souhaite discuter, entre autres
  • Points faibles
  • Points indécis
  • Points non définis
• Mention des analyses avec seuil pour BIOCLIM
• Trouver quoi faire avec la représentation du seuil --> Demander à Tim
• Clarifier si section résultats préliminaires devrait être écrite au passé ou non
• Vraie mise en page double interligne
• Couper au travers ✂️
• Réviser déclarations audacieuses
• Modifier page titre
• Se renseigner sur JSDM, MAXENT, trucs du genre avant discussion

The code to extract the data from eBird should be brought into this repository. It is only in my previous project SDM_Warblers for now (here).

While at it, it might be a good idea to switch to the newest version of the eBird dataset, which includes data from summer 2019.

Other possibility: get occurrence data from outside North America (say Central America, Caribbeans), possibly only for Warblers species present in North America

• Import EBD data extraction script
• Switch to latest eBird Dataset?
• Include occurrence data from outside North America (for species in North America)

Commentaires lab meeting 13 décembre

• Livre Berteaux pour explication SDM
• Parler ou pas de ce qui n'a pas été fait
  • Underfit vs overfit → (unverfit mieux que overfit pour proof-of-concept)
  • Pas de validation
• Température/précipitations importants → utilisés par Berteaux pour niches oiseaux
• Annexe avec variables → cartes modèles à 1 espèce (??)
• Ne pas définir diversité-bêta, juste LCBD
• Juste 1 exemple de LCBD discontinue
• Utiliser autre thème Beamer → thème gris de labo
• Symboles pour situer dans présentation
• Mentionner Parulines + photos
• Faire retour sur importance méthode
• Représenter médiane & quantiles 5 classes, difficile à voir sinon
  • Potentiellement gros changement des cartes
• Carte LCBD brutes
• Relation LCBD richesse → pas faciles à comprendre
  • Montrer d'abord axes, expliquer cadrans
  • Mêmes quantiles pour (?) clarté
  • Lignes pour prédictions SDM

Bringing back the remaining checklist items from #18. I merged the pull-request anyways since they're not essential, but it's good to have them somewhere.

Checklist

• Sliding window & mask?
• Switch to EarthEnv land cover data instead of Copernicus?
• Fix parallelization of presence_absence()
• Update Random Forests scripts? (optional: rewrite with caret/tidymodels? homogenize the 03_x_predictions.jl scripts?
• Investigate if single species models are similar to previous ones
• Figure out if colorbar scale in LCBD figures should be 0 to 1 or min to 1
• Downscale figures to 200 dpi?
• Update README figures from RandomForest to BARTs
• Update figures in article/ folder