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iBooks で目次が機能しない (iBooks のバグ)

iOS9.3 の iBooks で左上ボタンからアプリ側機能の目次を実行すると、目次の項目一覧は表示されるものの各項に対応するページ番号が表示されず、どれをタッチしても先頭ページに遷移します。

iBooks は過去に ncx内のurlがopfファイルからの相対で解釈されるというバグがあり、そのときにも似たような動作になっていたようですが、iOS 9.3 の iBooks には ncx 内の url の解釈により酷いバグがあるのでしょう。これらを回避するためか、Apple のサイト（ https://support.apple.com/ja-jp/HT202975 ）にあるファイル配置例では opf / ncx / xhtml が全て同じディレクトリに置かれています

追記
こちらの環境での、iBooks で ncx ファイルが用いられる設定がおかしいようでした。クローズします。
申し訳ありません。

以下の四つのファイルを.mobiファイルに転換するとき、エラーが発生しました。

47196_ruby_35629.zip
49940_txt_57517.zip
49946_txt_59449.zip
54858_ruby_49322.zip

詳しい情報は以下になります。お確認お願いします。
OS Windows 10 X64
Java環境　1.8.0_111
AozoraEpub3のバージョン　1.1.0
kindlegenのバージョン　2.9

AozoraEpub3: 1.1.0b46  ( Java 1.8.0_111  /  Windows 10 )
対応ファイル: 青空文庫txt(txt,zip,rar), 画像(zip,rar,cbz), URLショートカット(url)
ファイルまたはURL文字列をここにドラッグ＆ドロップ／ペーストで変換します。
------ .
[WARN] 注記内に注記があります (69) : ［＃「之天」に白丸傍点］
[WARN] 注記内に注記があります (69) : ［＃「礼止」に白丸傍点］
変換開始 : D:\AozoraMobi2\nomobi\54858_ruby_49322.zip
[WARN] 注記内に注記があります (69) : ［＃「之天」に白丸傍点］
[WARN] 注記内に注記があります (69) : ［＃「礼止」に白丸傍点］
[WARN] 字下げ注記省略 (68)
[ERROR]  (180)
変換完了[0.0s] : D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle8125666521700630990.epub
kindlegenを実行します : kindlegen.exe "D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle8125666521700630990.epub"
.....
Error(prcgen):E21027: Epub file has more than one opf file Error(prcgen):E21017: Problem while unpacking EPUB file.      in file: D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle8125666521700630990.epub
kindlegen変換完了 [0.1s] -> 54858_ruby_49322.mobi
------ .
変換開始 : D:\AozoraMobi2\nomobi\47196_ruby_35629.zip
[WARN] 字下げ注記省略 (45)
[WARN] 字下げ注記省略 (47)
[ERROR]  (51)
変換完了[0.0s] : D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1077440999364007917.epub
kindlegenを実行します : kindlegen.exe "D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1077440999364007917.epub"
.....
Error(prcgen):E21027: Epub file has more than one opf file Error(prcgen):E21017: Problem while unpacking EPUB file.      in file: D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1077440999364007917.epub
kindlegen変換完了 [0.1s] -> 47196_ruby_35629.mobi
------ .
変換開始 : D:\AozoraMobi2\nomobi\49940_txt_57517.zip
[WARN] 字下げ注記省略 (30)
[WARN] 字下げ注記省略 (34)
[WARN] 字下げ注記省略 (39)
[WARN] 字下げ注記省略 (41)
[WARN] 字下げ注記省略 (45)
[WARN] 字下げ注記省略 (47)
[WARN] 字下げ注記省略 (61)
[WARN] 字下げ注記省略 (63)
[WARN] 字下げ注記省略 (67)
[WARN] 字下げ注記省略 (71)
[WARN] 字下げ注記省略 (74)
[WARN] 字下げ注記省略 (88)
[WARN] 字下げ注記省略 (91)
[WARN] 字下げ注記省略 (95)
[WARN] 字下げ注記省略 (98)
[WARN] 字下げ注記省略 (102)
[WARN] 字下げ注記省略 (105)
[WARN] 字下げ注記省略 (107)
[WARN] 字下げ注記省略 (110)
[WARN] 字下げ注記省略 (114)
[WARN] 字下げ注記省略 (117)
[WARN] 字下げ注記省略 (123)
[WARN] 字下げ注記省略 (126)
[WARN] 字下げ注記省略 (130)
[WARN] 字下げ注記省略 (133)
[WARN] 字下げ注記省略 (135)
[WARN] 字下げ注記省略 (138)
[WARN] 字下げ注記省略 (146)
[WARN] 字下げ注記省略 (148)
[WARN] 字下げ注記省略 (158)
[WARN] 字下げ注記省略 (160)
[WARN] 字下げ注記省略 (165)
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[WARN] 字下げ注記省略 (170)
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[WARN] 字下げ注記省略 (188)
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[WARN] 字下げ注記省略 (202)
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[WARN] 字下げ注記省略 (530)
[WARN] 字下げ注記省略 (532)
[WARN] 字下げ注記省略 (536)
[INFO] 注記未変換 (541) : ［＃「ことゞも」は底本で「ことヾも」］
[WARN] 字下げ注記省略 (538)
[WARN] 字下げ注記省略 (543)
[WARN] 字下げ注記省略 (545)
[INFO] 注記未変換 (550) : ［＃「１．」は底本で「　．」］
[WARN] 字下げ注記省略 (549)
[WARN] 字下げ注記省略 (551)
[WARN] 字下げ注記省略 (562)
[WARN] 字下げ注記省略 (564)
[WARN] 字下げ注記省略 (567)
[WARN] 字下げ注記省略 (570)
[WARN] 字下げ注記省略 (572)
[WARN] 字下げ注記省略 (578)
[WARN] 字下げ注記省略 (580)
[WARN] 字下げ注記省略 (584)
[INFO] 注記未変換 (587) : ［＃「［「風邪そのもの」」は底本では「（「風邪そのもの」」］
[WARN] 字下げ注記省略 (586)
[WARN] 字下げ注記省略 (588)
[WARN] 字下げ注記省略 (593)
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[WARN] 字下げ注記省略 (608)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1111)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1155)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1165)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1172)
[WARN] 字下げ注記省略 (1174)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1199)
[WARN] 字下げ注記省略 (1203)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1209)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1507)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1519)
[WARN] 字下げ注記省略 (1521)
[WARN] 字下げ注記省略 (1523)
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[WARN] 字下げ注記省略 (1528)
[WARN] 字下げ注記省略 (1537)
[WARN] 字下げ注記省略 (1540)
[WARN] 字下げ注記省略 (1542)
[WARN] 字下げ注記省略 (1545)
[WARN] 字下げ注記省略 (1550)
[INFO] 注記未変換 (1554) : ［＃「P.260」は底本で「S. 260」］
[WARN] 字下げ注記省略 (1553)
[WARN] 字下げ注記省略 (1556)
[WARN] 字下げ注記省略 (1558)
[WARN] 字下げ注記省略 (1561)
[WARN] 字下げ注記省略 (1571)
[WARN] 字下げ注記省略 (1574)
[WARN] 字下げ注記省略 (1577)
[WARN] 字下げ注記省略 (1580)
[WARN] 字下げ注記省略 (1583)
[WARN] 字下げ注記省略 (1586)
[WARN] 字下げ注記省略 (1589)
[WARN] 字下げ注記省略 (1591)
[WARN] 字下げ注記省略 (1594)
[WARN] 字下げ注記省略 (1596)
[WARN] 字下げ注記省略 (1599)
[WARN] 字下げ注記省略 (1602)
[WARN] 字下げ注記省略 (1605)
[WARN] 字下げ注記省略 (1608)
[ERROR]  (1612)
変換完了[0.1s] : D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1831719136393500721.epub
kindlegenを実行します : kindlegen.exe "D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1831719136393500721.epub"
.....
Error(prcgen):E21027: Epub file has more than one opf file Error(prcgen):E21017: Problem while unpacking EPUB file.      in file: D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle1831719136393500721.epub
kindlegen変換完了 [0.1s] -> 49940_txt_57517.mobi
------ .
変換開始 : D:\AozoraMobi2\nomobi\49946_txt_59449.zip
[INFO] 注記未変換 (39) : ［＃「［Ａ］
[ERROR]  (61)
変換完了[0.0s] : D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle6207052132018980845.epub
kindlegenを実行します : kindlegen.exe "D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle6207052132018980845.epub"
.....
Error(prcgen):E21027: Epub file has more than one opf file Error(prcgen):E21017: Problem while unpacking EPUB file.      in file: D:\AozoraMobi2\nomobi\kindle6207052132018980845.epub
kindlegen変換完了 [0.1s] -> 49946_txt_59449.mobi

dtb:depthの値が展開されない

小説家になろうの作品を変換したところ、toc.ncxのdtb:depthの値が展開されず以下のように出力されていました。

<meta name="dtb:depth" content="${ncx_depth}"/>

iBooksの場合この値が原因で目次から各ページに飛べなくなっているようです（手動で「1」を指定したところ飛べるようになりました）。

バージョンは1.1.0b30です。

utf-8-bom の取扱い

BOM に対して何も処理していないのでタイトルなどに BOM が含まれてしまう場合があります。
実害はほとんどなさそうですが、ファイル名に見えない文字が使われるのはトラブルの元になりそうですので、対処したほうがよさそうだと思います。

米印の取扱い

※［＃米印、1-2-8］｜明かり《ライト》

というテキストがあったとき、現在(1.1.0b38)以下の用に変換されています。

  <p>｜明<ruby>かり<rt>ライト</rt></ruby></p>

期待される結果は以下ではないでしょうか。

  <p>※<ruby>明かり<rt>ライト</rt></ruby></p>

ルビの対応漏れ

るびフリガナ
<ruby>るび<rt>フリガナ</rt></ruby>

に対応できていない。

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