Refer to a reply / comment to PR #13

Issue

Configuration diverges when code runs under 𝝀=10 using Site 1, 2

Idea

Our confirmatory term in objective function is not regularized and is proportional to hyperparameter. This may have caused a problem with a large hyperparameter.

I will come back to this after completing with outline document.

mm.R 파일에서 데이터의 레이블(y)값을 어떻게 둔 건지 궁금해서 이슈를 만들었어
데이터에서 label은 pt+, pt-값으로 나오는 애들인 줄 알았는데 아닌가?
근데 코드에서 label로 사용한 y1s는 result/labels_site1.txt 에서 가져오던데,

1. 이 텍스트 파일의 각 열이 무슨 값들인지,
2. 텍스트 파일의 값과 데이터에서 가져온 y1 (ifelse(site1@sam_data$Treatment == "Pt +", 1, 2)) 의 차이가 뭔지 궁금해

수빈아 gradient descent 함수 미분 꼴 형태를 확인하는 중이었는데, F statistic 미분 항에 분모 식이 빠진 것 같아서 코멘트를 남겨.

115 d_g <- 4 * (N-a)/a * sign(Fz_cur - F0) * (tmp11 * tmp12 - tmp21 * tmp22) (링크)

내가 맞게 본 건지 확인해줄 수 있을까?

Overleaf 너가 작성한 문서 formulation.tex (링크) 에도 같은 코멘트 남겼어

@soob-kim

mm.R 파일의 pair_by_rank 함수에서, 우리가 loess를 사용하기 때문에 주어진 데이터의 범위에서 벗어나는 새로운 데이터로 predict를 하려고 하면 NA를 주는 에러가 있어,
그래서 mm_cmds(nit=15, lambda=0.5, z0=zmds1, D=distmat1, y=y1) 을 돌리면 NA를 줘

여기에서처럼,

pair_by_rank <- function(D, z, y, fun){
  f0_sorted <- get_p(d=D, trt=y, fun=fun)$ratio_all
  fz_sorted <- get_p(mat=z, trt=y, fun=fun)$ratio_all
  N <- length(f0_sorted)
  mat_pair <- matrix(0, nrow=N, ncol=2)
  mat_pair[,1] <- f0_sorted
  mat_pair[,2] <- fz_sorted
  df_pair <- data.frame(data=mat_pair)
  colnames(df_pair) <- c('F0','Fz')
  loess_f <- loess(Fz ~ F0, data=df_pair, span=0.10,
                   control=loess.control(surface="direct")) ## Add this part
  return(list(pair=mat_pair, model=loess_f))
}

이렇게 하면 그 문제는 일단 사라져. 함수 수정할 때 이 부분도 참고해줘!

How come \Phi_z and estimated \Phi (i.e., f_z of \Phi_o) not differ from each other?

Created a branch to diagnose the issue

수빈 @soob-kim , 너가 작성한 gradient descent 코드를 살펴보는 중인데 (data/gd.R) 막히는 부분이 있어서. 130번째 줄을 보면 아래와 같이 되어있는데 (링크)

tmp <- gd_mds(nit = 100, D = as.matrix(dist1), z0 = zmds1)

혹시 zmds1이 어디서 온 건지 설명해줄 수 있을까?

형석