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dbda2e-ja's Introduction

「ベイズ統計モデリング―R,JAGS,Stanによるチュートリアル― 原著第2版」 サポートサイト用リポジトリ

こちらは、共立出版より発売された「ベイズ統計モデリング-R,JAGS,Stanによるチュートリアル- 原著第2版」のサポートサイトを設置しているリポジトリです。このリンク先に本書の目次および第1章のpdfファイルへのリンクがあります。この本は、「Doing Bayesian Data Analysis 2nd Edition - A Tutorial with R, JAGS, and Stan」の日本語版となります。

なお,サポートサイト自体は,以下のurlへ進んでください:

https://kazutan.github.io/DBDA2E-ja

このREADMEには運用などについてまとめています。

このリポジトリの構成について

*.Rmdファイル

各ページのメインとなる部分です。現時点では以下のファイルがあります:

  • index.Rmd: トップページ
  • about.Rmd: 「このサイトについて」のページ
  • errata.Rmd: 「正誤表」のページ
  • exercise.Rmd: 「エクササイズ」のページ
  • code.Rmd: 「コード」のページ
  • relate.Rmd: 「関連情報」のページ

_site.ymlファイル

サイト設定ファイルです。記述方法などについてはR Markdown公式サイトのこちらのページを参照してください。

docs/ディレクトリ

サイト公開用に設定しているディレクトリです。この内容はRStudioのBuildで自動生成させますので,手作業による変更はしないでください(してもすぐ消し飛びます)。

data/ディレクトリ

正誤表のためのデータ(csv)などを設置しています。ここのデータをRmdで読み取って表などを自動生成しますので,追加などはここのデータをいじります。

pics/ディレクトリ

Webページ内にて利用する画像ファイルを設置しています。Rmdファイルなどで画像を参照させたいときは,このディレクトリに画像ファイルを置いて,pics/hoge.pngといったパスで呼び出してください。

plugins/ディレクトリ

Webサイト内で使っているプラグインです。内容を把握してない方はそっとしておいてください。

css/ディレクトリ

Webサイト内で使っているcssファイルを設置しています。

partial/ディレクトリ

ヘッダー部分やフッター部分で使っているhtmlファイルを設置しています。

その他のファイル

README.mdはリポジトリの説明ファイル(このドキュメント)で,それ以外はそっとしておいてください。

運用について

masterへのPushは禁止とし,プルリク駆動とします。どなたからでもプルリクは受け付けますが,レビューによっては修正をお願いすることがあることをご了承ください。

以下,編集方法について説明します。

サイトのレンダリングについて

render_all_Rmd.Rのスクリプトを実行してください。

正誤表への追加・修正について

  1. data/errata_list_Raw.csvファイルを開き,内容を追加・修正して保存
  2. errata.Rmdを開き,Knitを実行して変更を確認(自動で読み込んで表にします)
  3. 問題がなければcommitしてpushしてプルリクを投げてください

プルリクの内容を確認し,問題がなければそのままmergeします。その後に管理側で更新情報を追記してBuild Websiteを行います。

その他の内容の追加・修正について

  1. 該当するRmdファイルを開き,編集
  2. 保存してknitを実行して変更を確認
  3. 問題がなければcommitしてpushしてプルリクを投げてください

プルリクの内容を確認し,問題がなければそのままmergeします。その後に管理側で更新情報を追記してBuild Websiteを行います。

サイト設定などの追加・修正について

要望や指摘についてはissueへお願いします。もしこれらの設定を含むプルリクが挙がった場合,対応には時間がかかることをご了承ください。

dbda2e-ja's People

Contributors

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Stargazers

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Watchers

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dbda2e-ja's Issues

第5章 p111 5.2.1「答えは~」の段落全体(Hojoさんより)

「答えは「左右される」」という訳ですが、「答えは「場合による」」というニュアンスの訳が正しいと思われます(原著では「It depends.」)。
なぜなら、このあとに続く文章を読むと、新しいD'を加える順番によって我々の信念が左右されるようにみえますが、実際に数式で描かれている部分を見ると左右されていない事が示されていると思います。

この段落では、データを入れる順序によって我々の信念が影響されるか?について考えていて、
Kruschkeは、
「”独立を仮定している”今回は信念が左右されないけれど、これを仮定しないと信念が左右されることもありますよ。ただ、本書では、すべての例で独立を仮定しているから左右されないよ」
ということを主張しているのではないでしょうか?

ただ、あるデータDを得た段階で事後分布1を出して、D'加えて出したときの事後分布2と
あるデータD'を得た段階で事後分布1を出して、D加えて出したときの事後分布2の
事後分布1同士を比べて我々の信念が左右されるという趣旨を述べたいのであれば、訳のままでも正しい気がします。

しかし、個人的には恐らく前者の方を主張しているのではないかと考えます。

187ページの脱字

まったく読むのに影響はないのですが,脱字が見つかりました。
187ページの真ん中あたりです。

式7.11とは異なるアルゴリズが使用

「ム」が抜けている

関連情報のレイアウトについて

関連情報のページについてですが,タブ構成にしようと思います。

  • イベント
    • セミナーや読書会など
  • ブログ紹介
    • 紹介してもらった記事をリストアップ
  • その他
    • 関連書籍とかリンクとか?

こういうのをイメージしてます。いかがでしょうか? @kosugitti

OSXにおいて Homebrew で R をインストールした場合の、DBDA-utilities.R 内の挙動について

首題について
openGraph() 関数内で 原著サポートサイトにあるスクリプトでは、linux と osx は X11() を利用するように書かれていますが、
最近のosx では Homebrew から R をインストールした場合X11()を利用できません。

quartz() を利用するようにされたスクリプトが原著者のブログにあがっていました。
http://doingbayesiandataanalysis.blogspot.jp/2015/05/graphics-window-for-macos-and-rstudio.html
(この記事のコメント欄のスクリプトです)

あまりないケースかもしれませんが、
お知らせします。

第5章 p107 表5.4(Hojoさんより)

第5章 p107 表5.4
の表ですが、こちらの病気のラベルを表す顔文字?が恐らく逆になっていると思います(原著で確認いたしました)。
修正後
病気有りが悲しんでいる顔
病気なしが喜んでいる顔
だと思います。

エクササイズ6.4. のヒント「一番下段の左」は上段の左?

素晴らしい本が翻訳で読め、またそのサポートサイトがgithubで開設されたことに、大変感謝しております。

さて、表題に関してですが、原著ではupper-left panelとあるようです。
エクササイズの趣旨的にも、「一番上段の左」を指すのではないかと思いましたがいかがでしょうか。

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