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同一緯度経度を指定した場合でも年・要素によって参照される地点がわずかにずれる

元データとなっているNetCDFファイルの緯度経度座標が年・要素によって異なることが原因です。
小数点以下５桁程度で丸めることで対応できます。

x <- 
  purrr::map_dfr(1981:2020, function(y){
    ymd(paste0(y, "-12-15")) %>%
      fetch_amgsds(times = ., 43, 141.4, elements = "TMP_mea")
  })
table(x$lat)
#> 43.0041656494141 43.0041694641113 
#>                5               35 
table(x$lon)
#> 141.40625 
#>        40 

y <- 
  purrr::map_dfr(2007:2020, function(y){
    ymd(paste0(y, "-12-15")) %>%
      fetch_amgsds(times = ., 43, 141.4, elements = c("TMP_mea", "SD"))
  })
y
#>  # A tibble: 23 × 6
#>  time         lat   lon site_id TMP_mea    SD
#>  <date>     <dbl> <dbl> <chr>     <dbl> <dbl>
#>    1 2007-12-15  43.0  141. 1        -0.693    NA
#>  2 2007-12-15  43.0  141. 1        NA        29
#>  3 2008-12-15  43.0  141. 1        -3.79     NA
#>  4 2008-12-15  43.0  141. 1        NA         8
#>  5 2009-12-15  43.0  141. 1        -5.85     NA
#>  6 2009-12-15  43.0  141. 1        NA         2
#>  7 2010-12-15  43.0  141. 1        -6.68     NA
#>  8 2010-12-15  43.0  141. 1        NA         3
#>  9 2011-12-15  43.0  141. 1        -1.57     NA
#>  10 2011-12-15  43.0  141. 1        NA        31
#>  # ℹ 13 more rows
#>  # ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows

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