Сделать инструмент указатель. Он должен делать активным тот объект в Image Editor, который выделили.

Разбить проект на модули, собрать с помощью мавена

Отображает масштаб и координаты под мышью

Сделать нормальный красивый тулбар.

Сообразить, как сделать так, чтобы полоска масштаба была красивого размера.

• вылетает эксепшн при прокрутке колеса, если нет изображения.

1. An ability to click on element.
2. Get element on which click was performed.

Need to export all necessary data from App to Excel doc file. At the moment this feature doesn't work.

Change width of drawing objects properly on zoom in and out.

If image == null then save nothing

1. Return set of arrays of points from Core module.
2. Transform given array from set into Drawing polygonal chain.
3. Put transformed set to Object Manager.

Как лучше: рисовать центры непосредственно на изображении или рисовать центры с помощью точек в Image Editor?

Сохранение состояния для выполнения операций Undo и Redo

Сделать сохранение настроек. Например, необходимые параметры можно сохранять в xml. Для этого необходимо изучить JDOM.