La septicémie hémorragique virale est une maladie très contagieuse et mortelle qui touche les poissons de type salmonidés (les humains ne sont pas touchés). Elle est causée par un virus qui engendre chaque année de grosses pertes économiques pour les pisciculteurs. Votre but est de visualiser comment le virus se propage dans le monde, en comparant les séquences de la protéine G (glycoprotéine se trouvant à la surface du virus) de plusieurs isolats.
Suivez les pas décrits ci-dessous:
Téléchargez le fichier: Labo-2_BBC-2020.ipynb & le fichier countries_latlon.csv (seulement la première fois)
Dans un terminal
Créez un environnement (e.g., bbc_2)
Activez l'environnement que vous avez créé pour ce laboratoire
Installez manuellement les paquets (liste dans le fichier LibInstallation.txt)
Lancer un serveur de notebooks:
(bbc_2)me@my-pc:~$ jupyter notebook
Dans l'interface web du serveur de notebooks, naviguez dans vos fichiers pour trouver le fichier: Labo-2_BBC-2020.ipynb que vous avez téléchargez à l'étape 1
Suivez les indications dans le notebook
N'oubliez pas de rendre votre labo, à charger dans cyberlearn. 1 seul par groupe. (notebook et requirement.txt); nom du fichier: intro_python_NomDesEtudiantsDuGroupe.ipynb
Pour ce labo vous aurez besoin d'installer les outils suivants:
Aliview (https://ormbunkar.se/aliview/)
muscle (https://drive5.com/muscle/downloads.htm)
fasttree (http://microbesonline.org/FastTree/#Install)
Dendroscope (http://ab.inf.uni-tuebingen.de/data/software/dendroscope3/download/welcome.html)
Aliview: https://ormbunkar.se/aliview/
pour l'installation:
jupyter
biopython
pandas
numpy
matplotlib
scipy
Pillow
geos
basemap
React
Typescript
Django
Laravel
Facebook
Microsoft
Google
Alibaba
D3
Tencent