mancereus / hsm Goto Github PK

Erstellen eines ant-build oder eines jar-files, so dass hsm unabhängig von Eclipse laufen kann.

with dependent libs

improve tests

Ausgabe der p-Werte "p" aus AsymptoticStasistics und des p-Wertes getPM(i) aus SharingStatistics mit Präzision auf (mindestens) 20 Stellen.

Die bisherige Ausgabe gibt bei p-Werten < 10**(-16) nur eine "0.00" heraus. Das Format muss so geändert werden, dass der p-Wert der p-Wert nicht auf null gerundet wird.
Beispiele zum Testen:

T := getT(pos)
p := getPM(pos)

T = 1.96
p=0.0250914083810259

T = 5
p = 3.207590602415328e-07

T = 10
p = 3.952190772547777e-23

T = 15
p = 9.224075378889625e-48

Ax bx dx ay by dy

Default: mu = mean(pheno)

Optional: mu als Paramter übergeben

create a second eclipse project based on GWT with integrated Jetty

-pheno <>
-haplo <>
-multi <> (multithreaded, default false)

Default: Berechnung des Testes an allen Positionen unter Berücksichtigung aller Positionen

Option 1: Berechnung der Teststatistik von Position startPos bis stopPos. Das Sharing wird auch nur für die Positionen berücksichtigt.
Lösung 1: beim Einlesen nur die Positionen von startPos bi sstopPos einlesen

Option 2: Berechnung der Teststatistik an einer Position POS unter Berückdichtigung des sharings von der Position POS-G bis POS+G , wobei G eine natürliche Zahl ist. Hierbei kann defaultmaessig alle Positionen berücksichtigt werden, oder optional zB G=5
Lösung 2: Kombination aus Lösung 1 und ...

Folgendes Input-Format:

6 Spalten:
Family-ID
Personen-ID
Vater-ID
Mutter-ID
SEX
Phänotyp

Die Personen muessen in der gleichen Reihenfolge wie in Haplotypendatei sein (kann hier aber nicht abgefangen werden). Die interessante Spalte ist also die 6.

Läuft unter Linux, also gelöst

Datensatz:
Anzahl Personen: 2287
Anzahl Haplotypen: 4574
Anzahl Positionen: 42104

Fehlermeldung:

0 [main] INFO de.dkfz.phenopermutation.statistic.StatisticMain - something is working
Usage: de.dkfz.phenopermutation.statistic.StatisticMain
-stat (-st) [String] statistic (shar, asympt) (shar)
-pheno (-p) [File] phenotype filename
-haplo (-h) [File] haplotype filename
-permsize (-ps) [Integer] permutationsize (10)
125 [main] INFO de.dkfz.phenopermutation.importer.PhenoImporter - importPhenos
343 [main] INFO de.dkfz.phenopermutation.importer.PhenoImporter - importPhenos finished: 2287
359 [main] INFO de.dkfz.phenopermutation.importer.HaploImporter - importHaplos
15921 [main] INFO de.dkfz.phenopermutation.importer.HaploImporter - importHaplos finished: 2287
Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
at de.dkfz.phenopermutation.statistic.asymptotic.AsymptoticResult.(AsymptoticResult.java:62)
at de.dkfz.phenopermutation.statistic.StatisticMain.getAsymptStatistics(StatisticMain.java:105)
at de.dkfz.phenopermutation.statistic.StatisticMain.compute(StatisticMain.java:78)
at de.dkfz.phenopermutation.statistic.StatisticMain.main(StatisticMain.java:58)

Die genaue Stelle ist

    tmpDx = new double[positionsize][personsize * 2];