Locating Restriction Sites Solution with large dataset using mpi4py running on HPC

1. Secuencial Si se quiere ejecutar el programa en serial se debe poner la siguiente línea, python3 SecuencialProyecto3.py

2. Paralelo Si se quiere ejecutar el programa en paralelo se debe poner la siguiente línea, mpirun.openmpi -np (número de nucleos) python3 ParallelProyecto3.py

1. Mateo Alexander Zabala Gutierrez - [email protected]
2. Smith Alexis Carvajal Orozco - [email protected]

En éste repositorio se encuentran dos programas (uno en serial o secuencial y otro en paralelo) que sirven para encontrar el complemento inverso que ala vez nos sirve para encontrar el palindromo inverso de una cadena de ADN.

Un ejemplo de esto es: GCATGC el cual es un palindromo inverso ya que su complemento inverso es GCATGC.

El programa devuelve la posición y la longitud de cada palindromo inversoen la cadena de texto que es pasada.

Al correr los dos programas, cada uno con el mismo documento con la misma cantidad de datos se observaron los siguientes aspectos

1. https://pythonprogramming.net/sending-receiving-data-messages-mpi4py/?completed=/mpi4py-size-command-mpi/
2. https://pypi.org/project/mpi4py/
3. https://mpi4py.readthedocs.io/en/stable/tutorial.html