Génération de guides de construction de cage moléculaire spécifique à un substrat. La génération se fait par ajout de motifs liants intéragissants avec le substrat puis par création de chemins moléculaires reliant les motifs liants.

En cours : Création des chemins entre les motifs liants et amélioration des motifs liants.

Projet de recherche de l'équipe ALMOST du laboratoire DAVID.

Pour compiler le projet utilisez :

make

Pour lancer une démo sur le substrat YILLAG :

make demo

Pour exécuter le programme entrez :

./bin/cageMol.exe -i [fichier_substrat.xyz]

Puis les paramètres alpha et sizemax peuvent être aussi modifiés. Alpha est utilisé pour la génération d'une enveloppe concave et sizemax correspond au nombre d'atomes maximum que l'on veut dans un chemin qu'on génère.

alpha (défaut 3) : -a [double]

sizemax (défaut 5) : -s [entier]

Pour avoir de l'aide :

-h

Pour supprimer l'éxécutable et les fichiers objets :

make clean

Pour supprimer en plus les résultats :

make mrproper

Pour visualiser les résultats vous pouvez utiliser Pymol ou tout autres logiciels de visualisation moléculaire.

Ouvrir avec un navigateur web le fichier index.html, se trouvant dans doc/html. Documentation

Pathfinding : implémenter l'algorithme JPS (article : The Jump Point Search Pathfinding System in 3D) pour essayer de remplacer A*

Pour convenir aux chimistes : avoir des chemins qui se ressemble au maximum "symétrie" (améliore la création de la cage), avoir des motifs avec 3 chemins pour tridimensionner la cage

Optimisation de l'ensemble

Marie Bricage. Modélisation et Algorithmique de graphes pour la construction de structures moléculaires.. Géométrie algorithmique [cs.CG]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. Français. ⟨NNT : 2018SACLV031⟩. ⟨tel-01955838⟩