私が使っている、MarkdownからpLaTeXとPandocによって PDFを生成するためのテンプレート一式です。

1. Pandocと OMake, pLaTeX を導入してください
2. OMakefile, OMakeroot, template.tex, report.md の4つを適当なディレクトリにコピーしてください
3. report.mdを適当に編集します
4. omake -Pを叩くと、ファイルに変更があるたびに コンパイルし直され、リアルタイムで確認できます
5. ラベルの参照解消するために、完成後にomake -Uを 叩いた方がよさそうです

ドキュメント側からテンプレートをある程度カスタマイズ できるように、いくつかのPandocマクロを定義してあります。 また、Markdownで書き表せないいくつかのLaTeX機能について、 TeXのマクロを定義してあります。詳細はtemplate.texを 参照してください。

TeXLive2013に標準でついてくるパッケージのみ使用する ようにしましたが、比較的無茶苦茶なハックをかけてある 点が多いので、エラーが出るなどしたらtemplate.texを 読んでみてください。