Код писать нужно только в файлах из папки src. В нее же нужно сохранять картинки.

Папка dist генерируется автоматически, она добавлена в .gitignore, руками в ней ничего делать нельзя.

> npm install gulp-cli -g # установить бинарник Гальпа глобально
> npm install             # установите зависимости
> npm start               # запустите сборку

Проект будет доступен по адресу http://localhost:3000.

Стили нужно добавлять в main.less. Файл _media.less является служебным, его задача просто объявить набор переменных для адаптивности.

Вы можете создавать сколько угодно новых less-файлов, если посчитаете нужным, и подключать их в main.less. А можете просто написать все стили в main.less.

@media-запросы для селекторов пишем непосредственно в них:

// Плохо, `@media`-запрос вынесен отдельно, повторяется селектор `.header`:
.header {
    font-size: 14px;

}
@media @phone-strict {
    .header {
        font-size: 21px;
    }
}

// Хорошо, `@media`-запрос написан внутри селектора,
// весь код для селектора сосредоточен в одном месте:
.header {
    font-size: 14px;

    @media @phone-strict {
        font-size: 21px;
    }
}

См. так же руководство по БЭМ.