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Sugestão -
Verificar a possibilidade de preservar afiliação completa dentro de para apresentação e ainda dentro de aff a identificação dos elementos necessário para os indicadores bibliométricos.
Percebemos que há muito erro em identificação de afiliações e também problemas com a apresentação da afiliação completa no site.
É possível que dessa forma o total de erros em afiliações seja minimizado.
Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\sugestão
Foi notado que em todos os arquivos ao gerar o XML com o Markup .62, o "id" das xref de autores e afiliações ficam em caixa alta e com o "id" diferente do esperado. Exemplo:
[...]
A01
[...]
Referência cruzada de autor: O id da xref deve ser "aff1" com o label de acordo com o que foi tagueado no markup, no caso número 1.
Tag de afiliação: na tag aff o id deve ser igual ao id da xref de autor. Note que a informação do label de autor é omitida.
Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\aff_mkp.62
Brazilian Journal of Medical and Biological Research
Artigo - 433
Para a nova página, sugiro utilizar uma tooltip para apresentar a referência bibliográfica no texto. Dessa forma não há a necessidade de duplicar a informação da referência ao lado do artigo e no back. Apenas passando o cursor numa referência, a tooltip aparece e se precisar, há a possibilidade de "travar" a ref para verificar como foi citada.
gostaria de sugerir um tutorial de tooltip:
http://www.maujor.com/tutorial/barNav_tooltip.php
anpv70n1 - artigo 23 - é uma errata.
'''Sugestão:'''
Marcar informações do artigo corrigido no body da errata para
preenchimento automático dos atributos da tag e usar o DOI como link.
Exemplo: anpv70n1 - a23 ficaria:
<related-article related-article-type="corrected-article" vol="69"
issue="5" page="824" id="RA1" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"
xlink:href="http://dx.doi.org/10.1590/S0004-282X2011000600019" ext-link-
type="doi"/>
'''Ver regras em:'''
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#d2e1658
Sample 5 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/JournalPubv3-sample5.txt
Nas '''Tagging Guidelines''' solicitam para inserir a tag <related>
no
body.
Na '''Tag Library''' (link abaixo) o exemplo traz a tag no front. Na
definição da tag tem-se a impressão de que é no front quando são mais de
uma <related>
no artigo.
http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-wut0.html
No exemplo da Clinics, no PMC, tags estão no front:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3275775/
Tag foi testada no xml da errata da anp nos validadores PMC com a tag no
front e no body, e não acusou erro, os validadores aceitaram todas,
inclusive mais de uma no body. No Article Previewer link não apareceu.
Foi enviado e-mail para Chris Kelly do PMC perguntando quando marcar no
body, todavia ainda não houve resposta.
Aplicações da tag <related>
em: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-relart]
não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.
Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc
A versão 4.0.062 do pc-programs não reconhece a tag "ack" para agradecimentos. Ao gerar o arquivo XML é apresentado um erro nas tags sec e sectitle da informação "agradecimentos".
Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\icsev17n44
Os links deveriam abrir em uma nova guia, no mesmo navegador, facilitando a visualização rápida; o procedimento atual abre uma nova janela fora do local de visualização do artigo.
não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.
Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc
[othinfo]Epub 2006 Oct 6[/othinfo]
Quando a afiliação é longa, o dado aparece encavalado no texto do artigo.
http://www.scielo.br/article_plus.php?pid=S1516-44462013000200115&tlng=en&lng=en
Modulo-ArticlePage / Prioridade-Major
As informações laterais deveriam aparecer somente ao passar o cursor em cima da nota; evitando poluição visual no artigo.
Memórias do Instituto Oswaldo Cruz
Artigo – 414
Artigo – 463
AABC?
Artigo 307
Os arquivos editoriais da Revista Radiologia Brasileira v46n3 possuem paginação com número romano. O fascículo é convertido e sobe para o site SciELO, mas são apresentados com erro. Veja:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_issuetoc&pid=0100-398420130003&lng=en&nrm=iso
Os arquivos da RB encontram-se em:
V:\SciELO\serial\rb\v46n3\0100-3984-rb-46-03
Por gentileza, verificar possibilidade do sistema aceitar paginação com números romanos.
MODULO: XMLConverter
PRIORIDADE: MINOR
XML Converter deve tratar a conversão dos XML com versão JATS 1.0
O artigo 22 da ANPv70n3 é uma carta seguida de resposta.
Sobre a tag foi observado nos exemplos:
response-id - valor começa com "RE" (de response) nos exemplos.
Referências - em um dos exemplos inserem id sequencial começando no
artigo principal e continuando no subartigo para não duplicar (ver
[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/subarticlev3-sample3.txt]).
'''Markup ANPv70n3 artigo 22 em:'''
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste201205\response
'''''Ver:'''''
'''- Tagging Guidelines - Response and Sub-Article''':
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-response
'''- Tag Library - <response>
:''' http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-nit0.html
Relacionado ao trac/175 (#47)
Alguns tipos de footnote possuem textos padrões ou expressões recorrentes
que podem ser usados para seleção automática do fn-type.
Exemplo:
Conflito de Interesse: Conflict, Conflicts of interest, Conflicts: none
etc.
Financial disclosure etc
Seção cujo conteúdo é tipicamente uma lista de termos e definições,
geralmente marcada como uma ou mais listas de duas partes chamada
Definition List <def-list>
.
'''Ver:'''
Glossary - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-kmu0.html
'''Exemplo de Glossário em artigo da coleção SciELO:'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=s0100-40422007000100029&script=sci_arttext
Related to #51
Os arquivos XML enviados para o PubMed são gerados com informações incompletas.
Exemplo:
Os arquivos XML no PubMed ficam sem as tags da paginação e a tag com a data da publicação do fascículo é gerada mas gera incompleta, por exemplo, o fascículo deveria gerar com a informação mês e ano, e gera só com o ano sem o mês.
Verificamos ainda que quando há título e título traduzido um dos dois não é gerado.
A tag que identifica o idioma gera da seguinte forma: en quando deveria ser: EN.
Verificar em: Y:\SciELO_team\XML_PMC\PUBMED\rbpv
<inline-formula>
- marcada somente quando não for possível
representar os elementos com entidades comuns (html ou Unicode).
A matemática pode ser expressa por caracteres ASCII, como figura, ou
codificada usando TeX, LaTeX, ou MathML.
'''Observação:''' Estamos aguardando um exemplo, pois os que apareceram
até agora puderam ser codificados em entidades html, mas se precisar de um
exemplo temporário veja borv25n4a15.
'''Links:'''
Tag Library - : http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-
library/n-94w0.html
Tagging Guidelines - Inline Formula:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/dobs.html#dob-inform
Exemplo com MathML - Sample 2: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc
/tagging-guidelines/article/JournalPub-sample2.txt
Exemplo na coleção SciELO de revista marcada pela Caboverde para o
exercício realizado com as prestadoras.
Ver informação "Associate Editor" abaixo do nome da autora do artigo Rev
Saúde Pública 2012;46(3):401-6
http://www.scielo.br/pdf/rsp/v46n3/en_a01.pdf.
'''Ver:'''
<role>
Role or Function Title of Contributor -
http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-qjt0.html
Sample 1 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/JournalPubv3-sample1.txt
Há revistas em que a informação vem como footnote, nesse caso marcamos
como "Outra nota relacionada ao autor".
A ferramenta xml_scielo teve que ser ajustada para gerar os XML/SGML para PubMed/ISI dos dados provenientes do XML (SPS) ao invés da base, devido à problemas de codificação de caracteres.
Acho a visualização antiga mais adequada em relação aos links, pois quando clicamos em determinado link a página desce (ou sobe) automaticamente de forma rápida, causando uma sensação estranha quando a tela está em movimento. A forma antiga, de ir direto para a imagem, me parece mais adequada e menos prejudicial.
Solicito verificar o automata que não funciona em revistas com a norma
vancouver principalmente, além das demais normas quando na referencias
bibliográficas aparece DOi e url.
segue exemplo em vancouver:
PDFs traduzidos não aparecem no sumário eletrônico do site SciELO:
http://homolog.scielo.br/scielo.php?script=sci_issuetoc&pid=0104-116920130002&lng=en&nrm=iso
Prever PDFs traduzidos com as nomeações que seguem abaixo para disponibilizar o link do PDF traduzido no sumário eletrônico do site SciELO:
0104-1169-rlae-21-02-pt_0571.pdf
pt_0104-1169-rlae-21-02-0571.pdf
'''Problema:''' as referências já marcadas com autômata perdem o separador
de título e subtítulo impossibilitando a inserção automática do subtítulo
dentro da tag título de uma referência SciELO já marcada.
'''Sugestão de possível solução:'''
Verificar se a referência foi marcada manualmente (1) ou se por autômata
(2).
'''- Se caso 1:'''
'''- Se caso 2:'''
'''Implementação:'''
Coloquei como "trivial", pois a implementação serve apenas para quando a
marcação para gerar XML for feita em artigos já marcados na Metodologia
SciELO.
Todavia como estamos testando em arquivos com as referências já marcadas,
essa atividade é feita manualmente. Como boa parte das referências têm
subtítulo, a adaptação das referências tem sido fator de aumento de tempo
de marcação para geração de XML.
As informações do livro resenhado são marcadas em <product>
em <article-meta>
.
Implementar <product>
e tags relacionadas necessárias à descrição do item resenhado.
Algumas regras de marcação de Resenhas (Book Reviews):
usar @article-type "book-review" em <article>
.
em todos os casos, informações sobre o livro resenhado deve ser inserida em em <article-meta>
. É preferível que a ordem de citação das informações marcadas em sigam NLM Citation Style.
O autor da resenha deve ser marcado como o autor do artigo. O autor do livro deve ser incluído somente no elemento <product>
.
Ver mais regras e exemplos marcados em:
<product>
Product Information - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-nfs0.html
Taggin Guidelines - Book Reviews - [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#d2e1553]
Tag Library - Tagging Book or Product Reviews - [http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-j252.html]
Obs.: Essa tag também é usada para identificar arquivos de revisão de livros, jornais etc.
Exemplos de Book Review na coleção SciELO:
Ao clicar no botão para gerar o xml em alguns arquivos aparece uma tela
informando que algum objeto foi excluído (ver imagem objeto_excluído.jpg).
Essa informação é rotineira do sistema ou não deveria aparecer?
Print da tela e markup em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste20120227\Viviane\ag2
Na nova versão do programa a inserção automática do atributo graphic funciona
apenas no Word 2003.
Testado com AGv48n3 - a03
Sistema inseriu tags de seção e subseção no título da seção e a subseção
seguinte não foi marcada.
Exemplo:
bjmv43n1 - a17 (markup anexo)
Ver no markup o trecho abaixo:
[/sec][sec sec-
type="materials"][sectitle][subsec][sectitle]MATERIALS[/sectitle] AND
METHODS[/sectitle]
[p]Materials[/p]
[p]Soy bean from local market was powdered and dried at 80ºC. All the
other materials were purchased from standard suppliers: culture media
Oxoid limited USA, and other chemicals are from Sigma-Aldrich, USA. [/p]
Para marcação de link no texto para um arquivo externo que fornece
informação complementar ao documento, por exemplo, um audio.
'''Ver:'''
Tagging Guidelines - <inline-supplementary-material>
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/tags.html#el-isuppl
Tag Library <inline-supplementary-material>
-
http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-ffw0.html
Exemplo de artigo da coleção SciELO - Ver expressão "ver material
suplementar" na linha do texto:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0031-10492011001300001&lng=en&nrm=iso&tlng=pt
Exemplo:
Rev Panam Salud Publica vol.30 no.4 Washington Oct. 2011
http://www.scielosp.org/scielo.php?pid=S1020-49892011001000011&script=sci_arttext
Atualmente quando selecionado no Markup quando selecionado o valor "resenha" em doctopic, no XML o article-type é convertido para "other".
Ver Tag Library - article-type: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/index.html
Quando há artigos em que coincidem o número de paginação, a revista é processada, recebemos o relatório de erros mas ela não sobe para o site de controle de qualidade (homolo.xml.scielo.br). Ex.: rbp v35n2 tem duas cartas que o número de página coincide. Alterei o número de página para subir em homolog e produção.
arquivos 1516-4446-rbp-2013-35-2-210, 1516-4446-rbp-2013-35-2-211, 1516-4446-rbp-2013-35-2-212 e 1516-4446-rbp-2013-35-2-213
MODULO XML-Converter/PRIORIDADE-Major
não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.
Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc
Para referências bibliográficas de um mesmo autor, o PubMed Central repete a autoria e ordena cronologicamente essas referências bibliográficas. Contudo, para as revistas de norma ABNT é comum que se referencie diversas obras do mesmo autor e em vez de repetir o autor, substitui-se o nome por um traço equivalente a seis espaços (underline).
Quando geramos o XML, a informação desse autor substituído pelo traço sublinhar é suprimido do XML.
Sugestão: Verificar a possibilidade de resgatar o nome do autor da referência anterior para as que possuem o traço sublinhar.
Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\previous
Para listas que consistem de 2 partes, uma frase, palavra, termo, gráfico,
estrutura química ou equação acompanhados de sua respectiva definição,
explicação ou descrição.
'''Exemplos:''' listas de acrônimos, siglas, glossários etc.
'''Ver:'''
Tag Library - <def-list>
- http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-8p80.html
'''Lista de Definição dentro de Glossário (back) em artigo da coleção
SciELO:'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=s0100-40422007000100029&script=sci_arttext
'''Lista de Definição no body (o artigo é um glossário):'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-69912007000500014&script=sci_arttext
Para marcação de artigos compostos (artigo + comentário), conjuntos de cartas, resumos, arquivos em mais que um idioma etc.
Verificar possibilidade de marcação de arquivo traduzido, com a estrutura sub-article no Markup.
Ver:
-Tag Library - - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-ize0.html
-Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-response
-Exemplo - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/subarticlev3-sample3.txt
Exemplo na Coleção SciELO:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_issuetoc&pid=0104-116920130002&lng=en&nrm=iso
Exemplo de arquivos XML:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Amostra_XML_SciELO\Artigo_Trilingue
Em referências bibliográficas, a tag não preserva a forma escrita por extenso da informação e transforma em número. Exemplo bor ahead:
No mixed citation:
Verificar em: Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130603\Refs
Nas Samples da tagging-guidelines, verificamos que tal informação é preservada da maneira que é citada. Verificar em:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/journals1.html#d3e52
Os dados de histórico do artigo e de correspondência não aparecerem nas traduções.
Exemplo: http://homolog.xml.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0104-11692013000200475&lng=en&nrm=iso&tlng=pt
Implementar e (e tags relacionadas, ex: label, title, p, table-wrap, fig, paragraph, list etc) para marcação de Apêndices.
Ver
Appendix Matter - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-ad20.html
Appendix <app> - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-7e20.html
Segundo o PMC, a tag deve ter pelo menos um ou uma <title> pois dessa forma é possível gerar um índice automático.
Exemplo de Apêndice de artigo na Coleção SciELO:
Exemplo de Apêndice identificado em XML:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\app
O material suplementar também pode estar inserido em
Verificar estrutura: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-zjc2.html
Há revistas que apresentam label na informação de correspondência.
Nas Tagging Guidelines pede-se para marcar o label quando houver.
'''Exemplo na coleção SciELO - BJM'''
'''Tagging Guidelines - <corresp>
''' -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-corresp
Há revistas que ligam o autor à informação de correspondência por um
label.
Para construir a referência entre o label e a informação de
correspondência, implementar o atributo id em corresp. No exemplo do PMC
esse id começa com "cor".
'''Exemplo na coleção SciELO - BJM:'''
Ver:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000100008&lng=en&nrm=iso&tlng=en#tx0
'''Ver:'''
'''- Tag Library''' - <corresp>
- http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-h580.html
Arquivos como cartas que começam em uma página e terminam na próxima carta, apresentam erro de paginação ao enviar para o site, pois não é possível publicar dois arquivos de um mesmo fascículo com nomeação e paginação iguais. exemplo:
V:\SciELO\serial\rbp\v35n2\1516-4446-rbp-2013-35-02\1516-4446-rbp-2013-35-2-210.pdf
Verificamos que há a possibilidade de inserir um atributo @seq em fpage que é utilizado para dar sequência em paginações iguais. Verifique em:
Regra
Biblioteca de elementos e atributos
Nesse caso a tag deve ser apresentada da seguinte maneira:
PRIORIDADE: MEDIUM
MODULO: XMLConverter
A imagem não está disponível no arquivo XLS, porém está aparecendo normalmente no HTML. Link: http://homolog.xml.scielo.br/article_plus.php?pid=S0001-37652013005000039&tlng=en&lng=en;
AABC v85n1 – Artigo 405
Faltando imagem (Figure 2);
Artigo 349
Faltando todas as imagens do artigo (três ao todo);
Artigo 337
Faltando todas as imagens e tabelas do artigo;
Artigo 307
Artigo 223
Considerar:
Atributos:
content-type - especificar como "local-data"
id - requerido se referenciado.
Links:
Tag Library: Supplementary Material: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-yif0.html
Tagging Guidelines: - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-suppl
Tagging Guidelines: Supplementary Material - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-suppm
Exemplo - Sample 2: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/JournalPubv3-sample2.txt
Exemplos de artigos SciELO com Material Suplementar:
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-40422012000500011&script=sci_arttext
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S2176-94512010000600007&script=sci_arttext
Obs.: Há alguns casos em que o Material suplementar está no final do arquivo, depois de referências bibliográficas. Nesse caso, o Material suplementar pode ser inserido na tag de apêndice .
Ver estrutura: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-zjc2.html
Verificar uma forma automática de atribuição do atributo pub-type em ISSN
"epub", "ppub" ou os dois, quando a revista publicar:
somente online (ISSN online e pub-type "epub");
online e impresso (ISSNs online e impresso e pub-types "epub" e "pub"
respectivamente).
E a inserção dos dois ISSNs com os dois atributos (se possível) quando
houver.
'''Tagging Guidelines:'''
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-issn
Relacionado ao #46
Para marcação de artigos compostos (artigo + comentário), conjuntos de
cartas e resumos.
'''Ver:'''
-'''Tag Library - -''' http://dtd.nlm.nih.gov/publishing
/tag-library/3.0/n-ize0.html
-'''Tagging Guidelines -''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc
/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-response
-'''Exemplo -''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/subarticlev3-sample3.txt
'''Exemplo na Coleção SciELO:'''
Por não incluirmos o ref-list no sub-article, nas interfaces de tradução aparece o label no título principal do artigo.
Exemplo: RLAE em pt e es o label aparece "References"
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0104-11692013000300655&lng=en&nrm=iso&tlng=pt
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0104-11692013000300655&lng=en&nrm=iso&tlng=es
PRIORIDADE: Minor
MODULO: ArticlePage
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