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pc-programs's Issues

Sugestão: Afiliações com estrutura ou identificações incorretas

Sugestão -
Verificar a possibilidade de preservar afiliação completa dentro de para apresentação e ainda dentro de aff a identificação dos elementos necessário para os indicadores bibliométricos.
Percebemos que há muito erro em identificação de afiliações e também problemas com a apresentação da afiliação completa no site.
É possível que dessa forma o total de erros em afiliações seja minimizado.

Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\sugestão

(Word 2003 - versão 4.0.062) Referência cruzada de autor é gerado em caixa alta e com informações não esperadas.

Foi notado que em todos os arquivos ao gerar o XML com o Markup .62, o "id" das xref de autores e afiliações ficam em caixa alta e com o "id" diferente do esperado. Exemplo:

[...]

A01

Universidade de São Paulo,

[...]

Referência cruzada de autor: O id da xref deve ser "aff1" com o label de acordo com o que foi tagueado no markup, no caso número 1.
Tag de afiliação: na tag aff o id deve ser igual ao id da xref de autor. Note que a informação do label de autor é omitida.

Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\aff_mkp.62

Sugestão: usar tooltip no body para referências bibliográficas

Para a nova página, sugiro utilizar uma tooltip para apresentar a referência bibliográfica no texto. Dessa forma não há a necessidade de duplicar a informação da referência ao lado do artigo e no back. Apenas passando o cursor numa referência, a tooltip aparece e se precisar, há a possibilidade de "travar" a ref para verificar como foi citada.

gostaria de sugerir um tutorial de tooltip:
http://www.maujor.com/tutorial/barNav_tooltip.php

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.049) Erratas - Implementar tag <related> (ticket 70 do trac)

#168

anpv70n1 - artigo 23 - é uma errata.

'''Sugestão:'''
Marcar informações do artigo corrigido no body da errata para
preenchimento automático dos atributos da tag e usar o DOI como link.
Exemplo: anpv70n1 - a23 ficaria:

 <related-article related-article-type="corrected-article" vol="69"
 issue="5" page="824" id="RA1" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"
 xlink:href="http://dx.doi.org/10.1590/S0004-282X2011000600019" ext-link-
 type="doi"/>

'''Ver regras em:'''
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#d2e1658
Sample 5 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/JournalPubv3-sample5.txt

Nas '''Tagging Guidelines''' solicitam para inserir a tag <related> no
body.

Na '''Tag Library''' (link abaixo) o exemplo traz a tag no front. Na
definição da tag tem-se a impressão de que é no front quando são mais de
uma <related> no artigo.
http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-wut0.html

No exemplo da Clinics, no PMC, tags estão no front:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3275775/

Tag foi testada no xml da errata da anp nos validadores PMC com a tag no
front e no body, e não acusou erro, os validadores aceitaram todas,
inclusive mais de uma no body. No Article Previewer link não apareceu.
Foi enviado e-mail para Chris Kelly do PMC perguntando quando marcar no
body, todavia ainda não houve resposta.

Aplicações da tag <related> em: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-relart]

captura de tela 2013-12-05 as 11 59 04

notes para url com "disponível em" na norma vancouver

não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.

Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.

Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc

Os links deveriam abrir em uma nova guia

Os links deveriam abrir em uma nova guia, no mesmo navegador, facilitando a visualização rápida; o procedimento atual abre uma nova janela fora do local de visualização do artigo.

notes para Epub

não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.

Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.

Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc

[othinfo]Epub 2006 Oct 6[/othinfo]

Site SciELO não reconhece arquivos XML com paginação romana

Os arquivos editoriais da Revista Radiologia Brasileira v46n3 possuem paginação com número romano. O fascículo é convertido e sobe para o site SciELO, mas são apresentados com erro. Veja:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_issuetoc&pid=0100-398420130003&lng=en&nrm=iso

Os arquivos da RB encontram-se em:
V:\SciELO\serial\rb\v46n3\0100-3984-rb-46-03

Por gentileza, verificar possibilidade do sistema aceitar paginação com números romanos.

MODULO: XMLConverter
PRIORIDADE: MINOR

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.049) Implementar tag <response> (trac 90)

O artigo 22 da ANPv70n3 é uma carta seguida de resposta.

Sobre a tag foi observado nos exemplos:

Relacionado ao trac/175 (#47)

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <glossary> para marcação de glossários (trac/168)

Seção cujo conteúdo é tipicamente uma lista de termos e definições,
geralmente marcada como uma ou mais listas de duas partes chamada
Definition List <def-list>.

'''Ver:'''
Glossary - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-kmu0.html

'''Exemplo de Glossário em artigo da coleção SciELO:'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=s0100-40422007000100029&script=sci_arttext

Related to #51

PubMed não gera corretamente dados de arquivo XML

Os arquivos XML enviados para o PubMed são gerados com informações incompletas.
Exemplo:
Os arquivos XML no PubMed ficam sem as tags da paginação e a tag com a data da publicação do fascículo é gerada mas gera incompleta, por exemplo, o fascículo deveria gerar com a informação mês e ano, e gera só com o ano sem o mês.

Verificamos ainda que quando há título e título traduzido um dos dois não é gerado.
A tag que identifica o idioma gera da seguinte forma: en quando deveria ser: EN.

Verificar em: Y:\SciELO_team\XML_PMC\PUBMED\rbpv

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.052) Implementar <inline-formula> para marcação de fórmulas que aparecerem na linha do texto (trac/142)

<inline-formula> - marcada somente quando não for possível
representar os elementos com entidades comuns (html ou Unicode).
A matemática pode ser expressa por caracteres ASCII, como figura, ou
codificada usando TeX, LaTeX, ou MathML.

'''Observação:''' Estamos aguardando um exemplo, pois os que apareceram
até agora puderam ser codificados em entidades html, mas se precisar de um
exemplo temporário veja borv25n4a15.

'''Links:'''
Tag Library - : http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-
library/n-94w0.html
Tagging Guidelines - Inline Formula:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/dobs.html#dob-inform
Exemplo com MathML - Sample 2: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc
/tagging-guidelines/article/JournalPub-sample2.txt

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <role> para marcação de cargo em <contrib> (trac 190)

Exemplo na coleção SciELO de revista marcada pela Caboverde para o
exercício realizado com as prestadoras.

Ver informação "Associate Editor" abaixo do nome da autora do artigo Rev
Saúde Pública 2012;46(3):401-6
http://www.scielo.br/pdf/rsp/v46n3/en_a01.pdf.

'''Ver:'''

Movimentação da tela poderia ser direta

Acho a visualização antiga mais adequada em relação aos links, pois quando clicamos em determinado link a página desce (ou sobe) automaticamente de forma rápida, causando uma sensação estranha quando a tela está em movimento. A forma antiga, de ir direto para a imagem, me parece mais adequada e menos prejudicial.

Automata da norma vancouver não funciona quando há DOI e/ou URL

Solicito verificar o automata que não funciona em revistas com a norma
vancouver principalmente, além das demais normas quando na referencias
bibliográficas aparece DOi e url.
segue exemplo em vancouver:

  1. Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância Sanitária.
    Portaria nº 519, de 26 de junho de 1998 Brasília: Anvisa; 1998.
    [acesso 2012 nov 22]. Disponível em:
    http://www.anvisa.gov.br/legis/portarias/519_98.htm.
  2. Khan N, Mukhtar H. Tea polyphenols for health promotion. Life Sci.
    2007; 81(7):519-33. doi: 10.1 016/j.lfs.2007.06.011.
  3. Marlett JA, Slavin JL. Position of the American Dietetic Association:
    health implications of dietary fiber. J Am Diet Assoc
    [Internet]. 1997 [cited 2011 Mar 20]; 97(10):1157-9.
    Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12146567.

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Sugestão -Referências: Verificar possibilidade de inclusão automática da tag [subtitle] em [title] com a manutenção do separador (trac/177)

'''Problema:''' as referências já marcadas com autômata perdem o separador
de título e subtítulo impossibilitando a inserção automática do subtítulo
dentro da tag título de uma referência SciELO já marcada.

'''Sugestão de possível solução:'''

  • Verificar se a referência foi marcada manualmente (1) ou se por autômata
    (2).

    '''- Se caso 1:'''

    • retirar o [/title], substituir o [/subtitle] por [/title] e excluir o
      [subtitle].

    '''- Se caso 2:'''

    • pegar os conteúdos entre [title][/title] e [subtitle][/subtitle].
    • procurar as palavras em [text][/text].
    • retirar de [text] a string inteira da palavra inicial do [title] até
      a última de [subtitle](incluindo separador e finais ?, !, ...) e salvar
      em [title][/title].
    • substituir os [title][/title] e [subtitle][/subtitle] da marcação
      automática pelo novo [title][/title] com a string retirada de [text].

    '''Implementação:'''
    Coloquei como "trivial", pois a implementação serve apenas para quando a
    marcação para gerar XML for feita em artigos já marcados na Metodologia
    SciELO.
    Todavia como estamos testando em arquivos com as referências já marcadas,
    essa atividade é feita manualmente. Como boa parte das referências têm
    subtítulo, a adaptação das referências tem sido fator de aumento de tempo
    de marcação para geração de XML.

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.062) Implementar <product> para marcação de informações de obra resenhada/revisada

As informações do livro resenhado são marcadas em <product> em <article-meta>.
Implementar <product> e tags relacionadas necessárias à descrição do item resenhado.

Algumas regras de marcação de Resenhas (Book Reviews):

usar @article-type "book-review" em <article>.
em todos os casos, informações sobre o livro resenhado deve ser inserida em em <article-meta>. É preferível que a ordem de citação das informações marcadas em sigam NLM Citation Style.
O autor da resenha deve ser marcado como o autor do artigo. O autor do livro deve ser incluído somente no elemento <product>.

Ver mais regras e exemplos marcados em:

<product> Product Information - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-nfs0.html
Taggin Guidelines - Book Reviews - [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#d2e1553]
Tag Library - Tagging Book or Product Reviews - [http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-j252.html]

Obs.: Essa tag também é usada para identificar arquivos de revisão de livros, jornais etc.

Exemplos de Book Review na coleção SciELO:

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-21002012000300026&lng=en&nrm=iso&tlng=en

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0004-282X2012000700027&lng=en&nrm=iso&tlng=en

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Marcações de sec e subsec feitas no sectitle (trac: #186)

Sistema inseriu tags de seção e subseção no título da seção e a subseção
seguinte não foi marcada.

Exemplo:
bjmv43n1 - a17 (markup anexo)

Ver no markup o trecho abaixo:

 [/sec][sec sec-
 type="materials"][sectitle][subsec][sectitle]MATERIALS[/sectitle] AND
 METHODS[/sectitle]
 [p]Materials[/p]
 [p]Soy bean from local market was powdered and dried at 80ºC.  All the
 other materials were purchased from standard suppliers: culture media
 Oxoid limited USA, and other chemicals are from Sigma-Aldrich, USA. [/p]

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <inline-supplementary-material> para marcação de Material Suplementar "inline" (trac/167)

Para marcação de link no texto para um arquivo externo que fornece
informação complementar ao documento, por exemplo, um audio.

'''Ver:'''

Exemplo:
Rev Panam Salud Publica vol.30 no.4 Washington Oct. 2011
http://www.scielosp.org/scielo.php?pid=S1020-49892011001000011&script=sci_arttext

Fascículo indisponível em controle de qualidade (XML)

Quando há artigos em que coincidem o número de paginação, a revista é processada, recebemos o relatório de erros mas ela não sobe para o site de controle de qualidade (homolo.xml.scielo.br). Ex.: rbp v35n2 tem duas cartas que o número de página coincide. Alterei o número de página para subir em homolog e produção.
arquivos 1516-4446-rbp-2013-35-2-210, 1516-4446-rbp-2013-35-2-211, 1516-4446-rbp-2013-35-2-212 e 1516-4446-rbp-2013-35-2-213
MODULO XML-Converter/PRIORIDADE-Major

Referências com pmcid

não possui tag otherinfo e nem notes tanto em serial quanto em monog, IMPOSSÍVEL DE MARCAR.
Não marca automaticamente, informação fica só no mixed citation.
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\2013\Markup.63\20130612\pmc

Referências com autores "previous" tem informação suprimida no XML

Para referências bibliográficas de um mesmo autor, o PubMed Central repete a autoria e ordena cronologicamente essas referências bibliográficas. Contudo, para as revistas de norma ABNT é comum que se referencie diversas obras do mesmo autor e em vez de repetir o autor, substitui-se o nome por um traço equivalente a seis espaços (underline).

Quando geramos o XML, a informação desse autor substituído pelo traço sublinhar é suprimido do XML.

Sugestão: Verificar a possibilidade de resgatar o nome do autor da referência anterior para as que possuem o traço sublinhar.

Verificar em:
Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\previous

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <def-list> para marcação de listas de definições (trac/169)

Para listas que consistem de 2 partes, uma frase, palavra, termo, gráfico,
estrutura química ou equação acompanhados de sua respectiva definição,
explicação ou descrição.

'''Exemplos:''' listas de acrônimos, siglas, glossários etc.

'''Ver:'''
Tag Library - <def-list> - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-8p80.html

'''Lista de Definição dentro de Glossário (back) em artigo da coleção
SciELO:'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=s0100-40422007000100029&script=sci_arttext

'''Lista de Definição no body (o artigo é um glossário):'''
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-69912007000500014&script=sci_arttext

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.062) Implementar <sub-article> para marcação de estruturas compostas de artigo

Para marcação de artigos compostos (artigo + comentário), conjuntos de cartas, resumos, arquivos em mais que um idioma etc.

Verificar possibilidade de marcação de arquivo traduzido, com a estrutura sub-article no Markup.

Ver:
-Tag Library - - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-ize0.html
-Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-response
-Exemplo - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/subarticlev3-sample3.txt

Exemplo na Coleção SciELO:

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_issuetoc&pid=0104-116920130002&lng=en&nrm=iso

Exemplo de arquivos XML:

Y:\SciELO_team\XML_PMC\Amostra_XML_SciELO\Artigo_Trilingue

(Word 2003 - versão 4.0.062) Refs.: Os meses escritos por extenso são convertidos para números em element-citation.

Em referências bibliográficas, a tag não preserva a forma escrita por extenso da informação e transforma em número. Exemplo bor ahead:

No mixed citation:

  • Ref 3: 1997 Jul;26(6):283-9.
  • Marcado:
    07
    1997
    26

Verificar em: Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130603\Refs

Nas Samples da tagging-guidelines, verificamos que tal informação é preservada da maneira que é citada. Verificar em:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/journals1.html#d3e52

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.062) Implementar marcação Apêndice

Implementar e (e tags relacionadas, ex: label, title, p, table-wrap, fig, paragraph, list etc) para marcação de Apêndices.

Ver
Appendix Matter - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-ad20.html

Appendix <app> -  http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-7e20.html 

Segundo o PMC, a tag deve ter pelo menos um ou uma <title> pois dessa forma é possível gerar um índice automático.

Exemplo de Apêndice de artigo na Coleção SciELO:

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0031-10492011001300001&lng=en&nrm=iso&tlng=pt

Exemplo de Apêndice identificado em XML:

Y:\SciELO_team\XML_PMC\Teste\20130515\app

O material suplementar também pode estar inserido em

Verificar estrutura: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-zjc2.html

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <label> e @id em <corresp> (trac/180 e trac/181)

Há revistas que apresentam label na informação de correspondência.
Nas Tagging Guidelines pede-se para marcar o label quando houver.

'''Exemplo na coleção SciELO - BJM'''

Arquivos com mesma paginação apresentam erro

Arquivos como cartas que começam em uma página e terminam na próxima carta, apresentam erro de paginação ao enviar para o site, pois não é possível publicar dois arquivos de um mesmo fascículo com nomeação e paginação iguais. exemplo:
V:\SciELO\serial\rbp\v35n2\1516-4446-rbp-2013-35-02\1516-4446-rbp-2013-35-2-210.pdf

Verificamos que há a possibilidade de inserir um atributo @seq em fpage que é utilizado para dar sequência em paginações iguais. Verifique em:
Regra

Biblioteca de elementos e atributos

Nesse caso a tag deve ser apresentada da seguinte maneira:

seq

PRIORIDADE: MEDIUM
MODULO: XMLConverter

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.062) Implementar <supplementary-material> para marcação de seção de Material Suplementar

Considerar:

  • para o PMC é elemento de .
    deve ser marcado dentro de um com @sec-type"supplementary-material" aparecendo ao final do .
  • Se referenciado deve ter um @id. Pode ter e . Use ou dentro de para descrever um arquivo suplementar.
    Descrição do arquivo em ou deve incluir o nome do arquivo (incluindo extensão do arquivo em caixa baixa) e @xLink:href, também requer @mime-type, e @mime-subtype.
  • Figuras e tabelas suplementares podem ser marcadas usando ou , respectivamente, em vez de . Elas devem também ser marcadas dentro da seção supplementary-material.

Atributos:
content-type - especificar como "local-data"
id - requerido se referenciado.

Links:

Tag Library: Supplementary Material: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-yif0.html
Tagging Guidelines: - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/tags.html#el-suppl
Tagging Guidelines: Supplementary Material - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-suppm
Exemplo - Sample 2: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/JournalPubv3-sample2.txt

Exemplos de artigos SciELO com Material Suplementar:

http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-40422012000500011&script=sci_arttext

http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S2176-94512010000600007&script=sci_arttext

Obs.: Há alguns casos em que o Material suplementar está no final do arquivo, depois de referências bibliográficas. Nesse caso, o Material suplementar pode ser inserido na tag de apêndice .
Ver estrutura: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-zjc2.html

Verificar implementação de ISSN para publicações exclusivamente em formato eletrônico (trac/138)

Verificar uma forma automática de atribuição do atributo pub-type em ISSN

(Word 2003 e 2010 - versão 4.0.053) Implementar <sub-article> para marcação de estruturas compostas de artigo (trac/175)

Relacionado ao #46

Para marcação de artigos compostos (artigo + comentário), conjuntos de
cartas e resumos.

'''Ver:'''
-'''Tag Library - -''' http://dtd.nlm.nih.gov/publishing
/tag-library/3.0/n-ize0.html
-'''Tagging Guidelines -''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc
/tagging-guidelines/article/dobs.html#dob-response
-'''Exemplo -''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/subarticlev3-sample3.txt

'''Exemplo na Coleção SciELO:'''

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