Construction d'un projet de formation aux pratiques FAIR

1. Introduction aux pratiques FAIR

   • Crise de la reproductibilité
   • Définitions FAIR
   • Pratiques FAIR au travers d'outils d'aide à la Gestion
   • Programme de la formation FAIR

2. Notion de versionnage et pérénnité du code

• Introduction à Git

  • Récupérer du code depuis github, gitlab
  • Créer un dépôt git
  • Créer des commit
  • Ajouter des fichier
  • Mettre à son jour un depôt

3. Gestion de l'environnement de travail

• Introduction à la gestion de son environnement

  • Utilisation de conda et des environnements de travail
  • Utilisation de conteneur avec singularity
  • Gestionnaire de workflow avec snakemake

4. Documentation du code

• Introduction aux sytèmes de documentations

  • Introduction à Rmarkdown
  • Introduction à jupyter et jupyterlab

Le dépôt se structure selon les 4 thématiques développées :

1. fair_introduction contient le cours d'introduction du module FAIR
2. fair_versionnage contient :

• Le cours sur le versionnage avec Git
• Le TP_Git

3. fair_encapsulation contient :
   • Le cours
   • Les TP pour conda et singularity

fair_environnement contient :

• Le cours de gestion des workflows avec snakemake
• Le TP snakemake

4. fair_documentation contient :
   • Le cours
   • Le TP jupyter
   • Le TP rmarkdown

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├── fair_documentation
│   ├── documentation_TP
│   ├── introduction_documentation
│   ├── rmarkdown_cheatsheet_V2.pdf
│   └── rmarkdown_reference_guide.pdf
├── fair_encapsulation
│   ├── conda_sheet_4.12.pdf
│   ├── encapsulation_cours
│   └── encapsulation_TP
├── fair_environnement
│   └── snakemake_cours
├── fair_introduction
│   └── introduction_fair_cours
├── fair_versionnage
│   ├── versionnage_cours
│   └── versionnage_TP
└── README.md

15 directories, 6 files