Construction d'un projet de formation aux pratiques FAIR
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Introduction aux pratiques FAIR
- Crise de la reproductibilité
- Définitions FAIR
- Pratiques FAIR au travers d'outils d'aide à la Gestion
- Programme de la formation FAIR
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Notion de versionnage et pérénnité du code
- Introduction à Git
- Récupérer du code depuis github, gitlab
- Créer un dépôt git
- Créer des commit
- Ajouter des fichier
- Mettre à son jour un depôt
- Gestion de l'environnement de travail
- Introduction à la gestion de son environnement
- Utilisation de conda et des environnements de travail
- Utilisation de conteneur avec singularity
- Gestionnaire de workflow avec snakemake
- Documentation du code
- Introduction aux sytèmes de documentations
- Introduction à Rmarkdown
- Introduction à jupyter et jupyterlab
Le dépôt se structure selon les 4 thématiques développées :
- fair_introduction contient le cours d'introduction du module FAIR
- fair_versionnage contient :
- fair_encapsulation contient :
- Le cours
- Les TP pour conda et singularity
fair_environnement contient :
- Le cours de gestion des workflows avec snakemake
- Le TP snakemake
- fair_documentation contient :
- Le cours
- Le TP jupyter
- Le TP rmarkdown
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├── fair_documentation
│ ├── documentation_TP
│ ├── introduction_documentation
│ ├── rmarkdown_cheatsheet_V2.pdf
│ └── rmarkdown_reference_guide.pdf
├── fair_encapsulation
│ ├── conda_sheet_4.12.pdf
│ ├── encapsulation_cours
│ └── encapsulation_TP
├── fair_environnement
│ └── snakemake_cours
├── fair_introduction
│ └── introduction_fair_cours
├── fair_versionnage
│ ├── versionnage_cours
│ └── versionnage_TP
└── README.md
15 directories, 6 files