Le répertoire croco contient le code CROCO de base
Le répertoire CONFIGS contient les différentes configurations:
- MEDDY : Meddy dans une configuration idéalisée
- MOZ : Tourbillon dans la configuration réaliste du canal du Mozambique
- JETN : Jet et marée interne dans une configuration idéalisée
- ITBALT : Internal Tide and BALanced Turbulence in an idealized context
Le répertoire util contient des utilitaires python
- clean_croco.py : pour supprimer tous les xios_client* et xios_server* (sauf le 0) à partir du niveau de répertoire courant et dans les deux niveaux inférieurs
- kill_datarmor.py : pour tuer sur datarmor tous les chainages d'une simulation en cours
- restart_datarmor.py : pour relancer sur datarmor une simulation de plusieurs chainages
Download the repository:
git clone https://github.com/slgentil/croco.git
For pre/post processing, install an appropriate conda-environment. Download Miniconda3 (i.e. for python3) from the conda website and run:
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda update conda
conda create -n croco -c conda-forge python=3.8 dask dask-jobqueue \
xarray zarr netcdf4 python-graphviz \
jupyterlab ipywidgets \
cartopy geopandas scikit-learn seaborn \
hvplot geoviews nodejs \
intake-xarray gcsfs \
cmocean gsw \
xrft \
pytide pyinterp
conda activate croco
pip install git+https://github.com/xgcm/xgcm.git
conda install -c conda-forge pywavelets
cd croco; pip install -e .
# install croco_visu
conda install -c conda-forge wxpython ffmpeg
# install parcels
conda install -c conda-forge parcels
# pyamg for solving poisson equation
conda install -c conda-forge pyamg
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager \
@pyviz/jupyterlab_pyviz \
jupyter-leaflet
see also conda doc
Aller dans le répertoire Run_XXX
Ce répertoire ne contient que les sources modifiés de la configuration courante par rapport à CROCO de base
Lancer jobcomp
L'exécutable croco et un lien symbolique vers l'exécutable xios_server.exe sont créés dans le répertoire courant
python chain_datarmor.py workdir nbchain elaptim resolution jobname restart
avec:
- workdir : répertoire qui sera créé sous DATAWORK ou SCRATCH selon la variable WORK du script python
- nbchain : nombre de chainages
- elaptim : temps elapsed pour chaque chainage HH:MM:SS
- resolution : dépend de la configuration (4,2,1 pour JETN / 128,256,512,1024 pour MEDDY et MOZ)
- jobname : nom générique des batchs
- restart : 0 (initial) or 1 (restart)
Le répertoire workdir est créé dans DATAWORK ou SCRATCH
Ce répertoire contient des sous-répertoires t1,t2,... , un répertoire par chainage
Le script python prépare le batch et vous indique comment le lancer.