thorstenwagner / ij-robust-split Goto Github PK

Beispiel:

Diese Zeile verursacht natürlich bei jedem anderen Probleme:
https://github.com/thorstenwagner/ij-robust-split/blob/master/src/main/java/de/biomedical_imaging/ij/clumpsplitting/Clump_Splitting.java#L168

Winkel, welche die Parametrierungen erleichtern könnten, sollten als Overlay angezeigt werden.

Vor dem Hintergrund von Issue #4 wäre eine Preview sehr sinnvoll. So lassen sich gute Parameter deutlich einfacher finden.

Der GenericDialog unterstützt eine Preview. Im Skelett hatte ich eine Preview sogar eingebaut:
https://github.com/thorstenwagner/ij-robust-split/blob/9561365eb7d7be3e8df658a9c5c89ee8053b1393/src/main/java/de/biomedical_imaging/ij/clumpsplitting/Clump_Splitting.java

Ich hoffe das reicht für dich als Beispiel um die Preview zu integrieren.

@LouiseBloch
Laut Abbildung 7 des Papers soll die Linie mit der der Punkt P bestimmt wird, einen rechten Winkel zwischen dem Concavity Pixel C_i und der Konvexityhülle K_i bilden:

Das scheint offensichtlich nicht der Fall zu sein. Hier ein Input + Ouput:

Ohne überprüft zu haben: Dieses Kritierum wird auch bei der Bestimmung der Concavity Depth verwendet (Siehe Fig. 4)

. Hast du das berücksichtigt?

Nachdem zwei Punkte zur Trennung gefunden sind, könnte statt einer geraden Linie auch ein gewichteter kürzester Pfad auf Basis der Kanteninformationen genutzt werden. Die kürzeste Pfad Strategie wurde zum Beispiel im folgenden Paper verwendet:

Wang et al, CLUMP SPLITTING VIA BOTTLENECK DETECTION, IEEE Int. Conf. Image Process., vol. 2, pp. 61–64, 2011.
bzw.
H. Wang, H. Zhang, and N. Ray, “Clump splitting via bottleneck detection and shape classification,” Pattern Recognit., vol. 45, no. 7, pp. 2780–2787, Jul. 2012.

Bei Gelegenheit bitte korrigieren!

Im Paper werden verschiedene Thresholds definiert, die offenbar empirisch ermittelt wurden. Es wird sicherlich Situationen geben, bei der eine Anpassung via GUI sinnvoll ist.

Die Methode sollte mit der in ImageJ integrierten Watershed Methode verglichen werden

Der Algorithmus sieht nicht vor, auch die inneren Konturen zu verwenden. Diese können aber wichtige KONVEXE Punkte enthalten. Beispiel:

Sofern ein lauffähiges Plugin am Ende der Thesis vorliegt, sollte auch ein entsprechender Wiki Eintrag bei Fiji angelegt werden. Als Beispiel können andere Plugins unserer Arbeitsgruppe dienen z.B.
http://fiji.sc/Ridge_Detection

Hi, I am a graduate student in a systems/developmental biology lab doing quantitative single-cell analysis on fluorescence microscopy images, and was hoping your plugin could help improve our segmentation in the case of overlapping nuclei, but I am having some trouble adding it to Fiji. I have tried installing it using the .jar file and ImageJ gives feedback that it is installed but I am unable to locate it in the plugins menu and was wondering if there is something I'm missing. I would really appreciate any help, bearing in mind that this is an older/no longer active project. I am sorry if this is something really basic/obvious that I'm doing wrong