vitaliy-1 / docxtojats Goto Github PK

DOCX to JATS XML Converter

License: GNU General Public License v3.0

PHP 100.00%

docxtojats's Introduction

Description

DocxToJats is a PHP library that converts DOCX archives that comply OOXML standards into JATS XML (Journal Article Tag Suite) format. It's tested with DOCX produced by LibreOffice, MS Word, and Google Docs.

Requirements

The only requirement is PHP 7.3 or higher. CLI version if running from a command line

Usage

git clone https://github.com/Vitaliy-1/docxToJats.git
cd docxToJats
php docxtojats.php [/path/to/input/file.docx or /path/to/input/dir/] [/path/to/output/file.xml or /path/to/output/dir]. E.g., to process a single file: php docxtojats.php /mydir/file.docx /mydir/converted/file.xml - if output filename is pointed, attached files, like figures, will be moved into the same folder; to process multiple files in a folder by relative path: samples/input/ samples/output/.

Additional info

The list of supported elements: https://github.com/Vitaliy-1/docxConverter#what-article-elements-are-supported.
How to achieve the best results: https://github.com/Vitaliy-1/docxConverter#how-to-achieve-best-results

DocxToJats is used as a submodule to the DOCX Converter Plugin, written for Open Journal Systems. Unfortunately DOCX archive doesn't contain much metadata and JATS front elements remain not populated, thus, the best way would be to integrate docxToJats with editorial manager from where article's metadata can be retrieved. DOCX Converter Plugin is such an example.

docxtojats's People

Contributors

Stargazers

Watchers

Forkers

withanage sjamaan franciscoangelmtz dmandinic gaziyucel vincent1394 quedaporhacer

docxtojats's Issues

Caption title parsing

Hi, thanks for the excellent work so far! I tested the current version of the converted and seems to work very well.

A minor issue, visible in the example files:
Figure

<title>1 In vel pellentesque est, eu placerat felis sed porttitor felis in aliquet imperdiet.</title>

I would expect the label to contain also the number (which is now in the title). It could also be good to detect number+dot as a part of the label (you can find something like "Figure 1. Caption text", but you can drop the dot in the label).

Additionally, I did not go deeper into the code which handles captions, but would it be possible to also detect references (Zotero/Mendeley) there? In some cases people put references also in captions, and if the reference only appears in the caption, it will not be detected at all (i.e. appear in the references list at the end).

Thanks and continue the great work.

Fatal error on reference parsing

Explore circumstances where citation can be recognized as a JSON but not in CSL format. Correspondent error:

PHP Notice:  Undefined property: stdClass::$plainCitation in /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Reference.php on line 57
PHP Notice:  Undefined property: stdClass::$formattedCitation in /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Reference.php on line 61
PHP Fatal error:  Uncaught TypeError: Return value of docx2jats\objectModel\body\Reference::getCslId() must be of the type int, string returned in /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Reference.php:32
Stack trace:
#0 /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Field.php(85): docx2jats\objectModel\body\Reference->getCslId()
#1 /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Field.php(59): docx2jats\objectModel\body\Field->processRuns()
#2 /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Par.php(108): docx2jats\objectModel\body\Field->addContent()
#3 /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Par.php(59): docx2jats\objectModel\body\Par->setContent()
#4 /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverte in /home/doc/OJS/development/e-med/ojs/plugins/generic/docxConverter/docxToJats/src/docx2jats/objectModel/body/Reference.php on line 32

is this work ?

Do you have any known issue for this code ?
Since I am planning to create gui for this

Thank

Strip additional text formatting from links

Currently, formatted text in links isn't supported by the Texture plugin. Related to: https://forum.pkp.sfu.ca/t/docx-to-jats-xml-converter-plugin/54268

Title tag can appear inside table cell

This is not allowed according to the NISO JATS standard

Escape special chars when parsing text from DOCX

Plugin does not show the conversion option in any workflow tab

I have installed and enabled the plugin, uploaded the google docx file, gone through the demo procedure but I am unable to see the xml conversion tab as shown on github page?

Support references exported by Mendeley LibreOffice plugin

External links are loosing the target after conversion

We are having issue in validating the XML

@Vitaliy-1 files converted by the plugin is not being validated at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/xmlchecker/ can you please help us in ? thanks

Reference issue

Hi vitaliy that plugin DOCX2JATS is working prefect but i am facing a issue is in refernce.
in cmd command show reffernce list is added but cant display on journal.
i doall your instructin
refernce tag haeading
AMA stlye
Cite from mendeley
Article1.docx

Mendeley may assign the same ID for different articles

Consider another mechanism besides id comparison to check duplicates (string comparison? array_diff?)

Parse figure and table captions

Parse links to tables and figures

MS Word linking tables and figures from the paragraph's text. It's possible only if the former has a caption. In OOXML that links actually points to the caption and is recognized as a bookmark.

Check how it's supported by LibreOffice Writer.

DOCX from MS Office 365 and Word online has different archive structure

E.g., document2.xml instead of document.xml.
rely on [Content_Types].xml?

Parse images

Invalid conf-loc tag inside book reference

Reproduced with MS Word + Zotero plugin. Reference example:

<ref id="bib19">
  <element-citation publication-type="book">
    <source>Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) Inhibitors: A Review of the Comparative Clinical and Cost-Effectiveness</source>
    <publisher-name>Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health</publisher-name>
    <publisher-loc>Ottawa (ON)</publisher-loc>
    <conf-loc>Ottawa (ON)</conf-loc>
    <ext-link>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK304523/</ext-link>
    <year>2015</year>
  </element-citation>
</ref>

Ordered and bulleted list types aren't always recognized correctly

Incorrect rowspan count of cells when parsing complex tables

Table example:

Underline OOXML code:

        <w:tbl>
            <w:tblPr>
                <w:tblStyle w:val="afd"/>
                <w:tblW w:w="5000" w:type="pct"/>
                <w:jc w:val="start"/>
                <w:tblInd w:w="0" w:type="dxa"/>
                <w:tblCellMar>
                    <w:top w:w="0" w:type="dxa"/>
                    <w:start w:w="108" w:type="dxa"/>
                    <w:bottom w:w="0" w:type="dxa"/>
                    <w:end w:w="108" w:type="dxa"/>
                </w:tblCellMar>
                <w:tblLook w:val="04a0" w:noHBand="0" w:noVBand="1" w:firstColumn="1" w:lastRow="0" w:lastColumn="0"
                           w:firstRow="1"/>
            </w:tblPr>
            <w:tblGrid>
                <w:gridCol w:w="3396"/>
                <w:gridCol w:w="1134"/>
                <w:gridCol w:w="576"/>
                <w:gridCol w:w="1277"/>
                <w:gridCol w:w="1844"/>
                <w:gridCol w:w="798"/>
            </w:tblGrid>
            <w:tr>
                <w:trPr></w:trPr>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="3396" w:type="dxa"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:spacing w:before="60" w:after="60"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial" w:cs="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun" w:cs="Arial" w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                            <w:t>Factor</w:t>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="1134" w:type="dxa"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:spacing w:before="60" w:after="60"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial" w:cs="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun" w:cs="Arial" w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                            <w:t>Gender</w:t>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="576" w:type="dxa"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:spacing w:before="60" w:after="60"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial" w:cs="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun" w:cs="Arial" w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                            <w:t>N</w:t>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="1277" w:type="dxa"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:spacing w:before="60" w:after="60"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial" w:cs="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun" w:cs="Arial" w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                            <w:t>Mean Rank</w:t>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="1844" w:type="dxa"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:spacing w:before="60" w:after="60"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:ascii="Arial" w:hAnsi="Arial" w:cs="Arial"/>
                                <w:b/>
                                <w:b/>
                                <w:sz w:val="18"/>
                                <w:szCs w:val="18"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
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                            <w:t>Fd_4. Challenges related to the non-standard work environment</w:t>
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                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun"/>
                            </w:rPr>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
                <w:tc>
                    <w:tcPr>
                        <w:tcW w:w="798" w:type="dxa"/>
                        <w:vMerge w:val="continue"/>
                        <w:tcBorders>
                            <w:top w:val="nil"/>
                            <w:start w:val="nil"/>
                            <w:end w:val="nil"/>
                        </w:tcBorders>
                    </w:tcPr>
                    <w:p>
                        <w:pPr>
                            <w:pStyle w:val="Normal"/>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun"/>
                            </w:rPr>
                        </w:pPr>
                        <w:r>
                            <w:rPr>
                                <w:rFonts w:eastAsia="SimSun"/>
                            </w:rPr>
                        </w:r>
                    </w:p>
                </w:tc>
            </w:tr>
        </w:tbl>

Result JATS XML:

      <table-wrap id="tbl11">
        <table>
          <tr>
            <td>
              <bold>Factor</bold>
            </td>
            <td>
              <bold>Gender</bold>
            </td>
            <td>
              <bold>N</bold>
            </td>
            <td>
              <bold>Mean Rank</bold>
            </td>
            <td>
              <bold>Mann-Whitney U</bold>
            </td>
            <td>
              <bold>p</bold>
            </td>
          </tr>
          <tr>
            <td rowspan="10">Fd_1. Feedback issues related to work accomplishment</td>
            <td>Male</td>
            <td>142</td>
            <td>236,85</td>
            <td rowspan="10">18268,500</td>
            <td rowspan="10">0,034</td>
          </tr>
          <tr>
            <td>Female</td>
            <td>294</td>
            <td>209,64</td>
          </tr>
          <tr>
            <td rowspan="8">Fd_2. Communication-related challenges</td>
            <td>Male</td>
            <td>142</td>
            <td>244,76</td>
            <td rowspan="8">17144,500</td>
            <td rowspan="8">0,002</td>
          </tr>
          <tr>
            <td>Female</td>
            <td>294</td>
            <td>205,81</td>
          </tr>
          <tr>
            <td rowspan="6">Fd_4. Challenges related to the non-standard work environment</td>
            <td>Male</td>
            <td>142</td>
            <td>238,02</td>
            <td rowspan="6">18102,500</td>
            <td rowspan="6">0,024</td>
          </tr>
          <tr>
            <td>Female</td>
            <td>294</td>
            <td>209,07</td>
          </tr>
          <tr>
            <td rowspan="4">Fq_1. Self-organisation and independent working skills</td>
            <td>Male</td>
            <td>142</td>
            <td>186,63</td>
            <td rowspan="4">16349,000</td>
            <td rowspan="4">0,000</td>
          </tr>
          <tr>
            <td>Female</td>
            <td>294</td>
            <td>233,89</td>
          </tr>
          <tr>
            <td rowspan="2">Fq_2. Personal leadership skills</td>
            <td>Male</td>
            <td>142</td>
            <td>188,00</td>
            <td rowspan="2">16543,000</td>
            <td rowspan="2">0,000</td>
          </tr>
          <tr>
            <td>Female</td>
            <td>294</td>
            <td>233,23</td>
          </tr>
        </table>
      </table-wrap>

Throw notice only if can't find non-crucial file inside the archive that is called from the code

Currently, if the parser isn't able to find main document part the error is thrown, if other files, including those that contain side information - notice is thrown. Throw notice only if they are called somewhere from the code.

Extract styling for OOXML paragraphs

Support for Zotero citations

Zotero plugin for MS Word saves citations in CSL format inside DOCX archive. It's possible to extract them.

- parse in-text citations
- parse ref structure
- save reference as a raw text if structure isn't recognized

problem in table and image

hi @Vitaliy-1
i happy to say that, I remove all error and complete validate and style checker. But i face some issue in table and picture can you help these issue.
http://archivessr.com/index.php/asr/article/view/66
in this journal we use embedgelly for xml viewer. issue is table is not perfectly align and image size is too big.

References have wrong IDs

The id should correspond to its reference, rid attribute. According to the NISO JATS standard, id should start from a letter (not a number)

Could not load test_jats.xml

Dear @Vitaliy-1
I tried the xml sample file in oldGregg for Ojs 3.1.1.4 and other themes. In oldGregg, it did not show all the content and nav-bar stuck. The other themes keep loading article when opening xml file. For the first case, I guest about the match of reference format with parser and/or the absence of metadata. I do not for the 2nd case. Is the xml file created from this plugin compatible with olgGregg before the latest release?

First reference getting consistently dropped.

First of all, compliments for your tool. It's really useful!

I am coming through an issue where the first reference is skipped.

See for example:

which results in the following JATS after running through docxToJats:

This is the DOCX where this happens for reference:
The_role_of_surface_free_energy_in_osteo.docx

Let me know if you need anything else to reproduce the problem.

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