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Você pode desligar os 3 leds sempre e apenas ligar o correto quando preciso. Fica mais reduzido

           
			pio_set(LED1_PLACA_PIO, LED1_PLACA_MASK); 
			pio_set(LED2_PLACA_PIO,LED2_PLACA_MASK);
			pio_set(LED3_PLACA_PIO, LED1_PLACA_MASK);  

		if (musica1 != 1){
			musicatocando = 1;
			pio_clear(LED1_PLACA_PIO, LED1_PLACA_MASK);
		}
		else if (musica2 != 1){
			musicatocando = 2;
			pio_clear(LED2_PLACA_PIO,LED2_PLACA_MASK);
		}
		else if (musica3 != 1){
			musicatocando = 3;
			pio_clear(LED3_PLACA_PIO,LED3_PLACA_MASK);
		}
		 

No arquivo de musica (.h), existem diversos vetores com informações constantes (uma vez definido, nunca é alterado).

Uma grande recomendação de quando trabalhamos com sistemas embarcados, e também acaba sendo uma excelente prática de programação, sempre que tivermos dados constantes que não alteram (imutáveis), declarar eles com a propriedade const.

Exemplo:

const int music[] = ...

Quais as vantagens para um sistema embarcado?
Bom, o nosso SAME70, é uma CPU com 2048KB de ROM e 384KB de RAM (fonte) Quando você não utiliza a propriedade const, o compilador assume, que o vetor pode ser alterado a qualquer instante, por este motivo, ele é armazenado na RAM do processador. Agora, com o const, estes dados serão armazenados na ROM! Já que eles não se alteram! Dando uma enorme economia de memória RAM.

Lembre-se que geralmente em sistemas embarcados, um dos maiores gargalos é a quantidade de memória RAM disponível (RAM = custo = aumenta preço).

Por ser a terceira música, não era para acender o terceiro?