• blastをローカル環境で実行するためのシェル
  • blastの実行結果が出力される
  • blastでヒットしたsubject idの塩基配列が出力される

• 2021/01/31 v1.0.0
• 2021/05/16 v1.1.0
• 2021/06/23 v1.2.0 クエリを実行するDBを複数選択することができるようにする
• 2022/09/24 v1.3.0 blastxに対応

• bash
• blast がインストールされていること

1. bash setup.shを実行する
2. db,output,queryディレクトリが作成される
3. cd dbでディレクトリに移動する
4. mkdir <DBを保存するディレクトリ名> でディレクトリを作成する
5. 作成したディレクトリの中に、DB用fastaファイルを保存する
6. cd <DBを保存するディレクトリ名>
7. 核酸の場合→makeblastdb -in <保存したfastaファイル>.fasta -out <DBを保存するディレクトリ> -dbtype nucl -parse_seqidsを実行する
8. タンパク質の場合→makeblastdb -in <保存したfastaファイル>.faa -out <DBを保存するディレクトリ> -dbtype prot -parse_seqidsを実行する
9. cd ../../を行う
10. bash exec.shを実行する

.
├── README.md
├── db
│   └── xxx
│       ├── xxx.fasta
│       ├── xxx.nhr
│       ├── xxx.nin
│       ├── xxx.nog
│       ├── xxx.nsd
│       ├── xxx.nsi
│       └── xxx.nsq
├── error.log
├── exec.sh // blastを実行するshell
├── output
│   ├── result
│   │   ├── 2021-06-24_00:34_output1.txt
│   │   ├── 2021-06-24_00:34_output2.txt
│   │   ├── 2021-06-24_00:34_output3.txt
│   │   └── 2021-06-24_00:34_output4.txt
│   └── sequence
│       └── 2021-06-24_00:34_sequence1.fasta // outputの一番若い番号になる
│       
├── query
│   └── query.txt
├── setup.sh // ディレクトリを作るshell
└── test.sh // test用のshell

• dbは複数選択することができる
• blastに失敗した場合、error.logに追記されていく

• 結果 -> YYYY-MM-DD_HH:SS_output〇〇.txt
• 配列 -> YYYY-MM-DD_HH:SS_sequence〇〇.fasta

• 日時は実行するPCのタイムゾーンに依存する。確認方法: cat /etc/sysconfig/clock
• ./db配下に「db名.fasta」ファイルを配置する必要がある

ex) ./db/hoge/hogehoge.fasta ← DB作成に使ったfastaファイルを配置

• blastオプション「-culling_limit」の仕様がドキュメントを読んでもよくわからない

• logファイルを時間を出力するようにしたい

• blantnのオプションについて
• makeblastdbについて