- blastをローカル環境で実行するためのシェル
- blastの実行結果が出力される
- blastでヒットしたsubject idの塩基配列が出力される
- 2021/01/31 v1.0.0
- 2021/05/16 v1.1.0
- 2021/06/23 v1.2.0 クエリを実行するDBを複数選択することができるようにする
- 2022/09/24 v1.3.0 blastxに対応
- bash
- blast がインストールされていること
bash setup.sh
を実行する- db,output,queryディレクトリが作成される
cd db
でディレクトリに移動するmkdir <DBを保存するディレクトリ名>
でディレクトリを作成する- 作成したディレクトリの中に、DB用fastaファイルを保存する
cd <DBを保存するディレクトリ名>
- 核酸の場合→
makeblastdb -in <保存したfastaファイル>.fasta -out <DBを保存するディレクトリ> -dbtype nucl -parse_seqids
を実行する - タンパク質の場合→
makeblastdb -in <保存したfastaファイル>.faa -out <DBを保存するディレクトリ> -dbtype prot -parse_seqids
を実行する cd ../../
を行うbash exec.sh
を実行する
.
├── README.md
├── db
│ └── xxx
│ ├── xxx.fasta
│ ├── xxx.nhr
│ ├── xxx.nin
│ ├── xxx.nog
│ ├── xxx.nsd
│ ├── xxx.nsi
│ └── xxx.nsq
├── error.log
├── exec.sh // blastを実行するshell
├── output
│ ├── result
│ │ ├── 2021-06-24_00:34_output1.txt
│ │ ├── 2021-06-24_00:34_output2.txt
│ │ ├── 2021-06-24_00:34_output3.txt
│ │ └── 2021-06-24_00:34_output4.txt
│ └── sequence
│ └── 2021-06-24_00:34_sequence1.fasta // outputの一番若い番号になる
│
├── query
│ └── query.txt
├── setup.sh // ディレクトリを作るshell
└── test.sh // test用のshell
- dbは複数選択することができる
- blastに失敗した場合、error.logに追記されていく
- 結果 -> YYYY-MM-DD_HH:SS_output〇〇.txt
- 配列 -> YYYY-MM-DD_HH:SS_sequence〇〇.fasta
- 日時は実行するPCのタイムゾーンに依存する。確認方法: cat /etc/sysconfig/clock
- ./db配下に「db名.fasta」ファイルを配置する必要がある
ex) ./db/hoge/hogehoge.fasta ← DB作成に使ったfastaファイルを配置
- blastオプション「-culling_limit」の仕様がドキュメントを読んでもよくわからない
- logファイルを時間を出力するようにしたい