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创建文件夹，文件夹名字里不能有空格。比如创建：afile，然后把linklist.txt放到afile里面。

按顺序输入：

conda activate rnaseq
cd aflie
nohup aria2c -c -i linklist.txt &
mkdir bam rawcounts  

下载完毕后，写入filenames，一般来说，我是根据“_1.clean.fq.gz”这段字符命名的，比如：cfa3_1.clean.fq.gz，那么我就取cfa3作为该名字。
另外，“_1.clean.fq.gz”和 “_2.clean.fq.gz”，这两个文件是双端测序，测的是同一个样本。

ls *1.clean* |cut -d "_" -f 1 > filenames

把code里面的文件下载下来，拖进去afile，然后开始

bash rna1_hisat2.sh  

用top命令，查看是否运行完毕，运行完再bash下一个命令rna2，以此类推。