创建文件夹,文件夹名字里不能有空格。比如创建:afile,然后把linklist.txt放到afile里面。
按顺序输入:
conda activate rnaseq
cd aflie
nohup aria2c -c -i linklist.txt &
mkdir bam rawcounts
下载完毕后,写入filenames,一般来说,我是根据“_1.clean.fq.gz”这段字符命名的,比如:cfa3_1.clean.fq.gz,那么我就取cfa3作为该名字。
另外,“_1.clean.fq.gz”和 “_2.clean.fq.gz”,这两个文件是双端测序,测的是同一个样本。
ls *1.clean* |cut -d "_" -f 1 > filenames
把code里面的文件下载下来,拖进去afile,然后开始
bash rna1_hisat2.sh
用top命令,查看是否运行完毕,运行完再bash下一个命令rna2,以此类推。