KEGG_DEMO

环境

• win10
• R 3.6.2

运行

通过RGui运行

• git clone https://github.com/UrmsOne/KEGG-demo.git
• 设置运行路径：setwd("xxx")，例如setwd("C:\\Users\\urmsone\\Desktop\\KEGG-demo")
  • 其中xxx为clone后的KEGG-demo绝对路径，注意，是两个反斜杠。
• 安装依赖（第一次运行才需要此步骤，仅需运行一次）：
  • source("requirements.R")
  • init()
• 运行画图脚本：
  • source("shell/clusterProfilerKEGGShell.R")
  • clusterProfilerKEGGShell(pwd="C:\\Users\\urmsone\\Desktop\\KEGG-demo",output_path="output")
    • output_path为图片的输出路径

命令行方式运行

• git clone https://github.com/UrmsOne/KEGG-demo.git
• cd KEGG-demo
• Rscript cmd/main.R -p C:\\Users\\urmsone\\Desktop\\KEGG-demo -o output

报错解决

报错1：Error in readPNG(paste(kegg.dir, "/", pathway.name, ".png", sep = "")) : libpng error: Read Error

原因：可能是因为网络问题导致图片hasxxx.png的信息下载不完整，在读取时报错。可对照截图。 报错时的hsa05321.png 正常时的hsa05321.png

解决：添加异常处理机制，在出现error的时候重新执行该命令，控制最大retry的次数即可。（比较暴力的解决方案）

报错2：Info: Writing image file hsa04215.pathview.png Info: some node width is different from others, and hence adjusted! Error in img[pidx[i, 3]:pidx[i, 4], sel.px, 1:3] : 只有负下标里才能有零

原因：拉下来的hsa04215.xml文件中部分entry为type="rectangle" x="1" y="1" width="1" height="1",node.info函数在解析该xml文件的时候会生成x=1 y=1的记录，导致生成png图片的时候报错

解决：在pathview的源码中把entry为type="rectangle" x="1" y="1" width="1" height="1"的数据过滤掉 在RGui中导入pathview，并获取其源码。新建一个文件将源码写入，并在plot.data.gene=node.map..后加入一行代码plot.data.gene<-plot.data.gene[rowSums(plot.data.gene[,c("x","y","width","height")])!=4,]。在画通路图时使用自己修改后的函数即可。详细使用过程请参考clusterProfilerKEGGShell.R

写在最后

第一次写R一天入门，装环境&&跑代码，代码渣渣代码风格也渣渣请勿喷（本人也是个驼峰下划线或用的小逗比，python下划线、go驼峰）。初衷是帮逗比二货同学跑R画图，结果跑出了error，花了半天时间google，最后发现ID为hsa04215的这个error只有提问没有结果。受好奇心的趋势暴力解决了该问题，记录一下。core目录下是同学给我的代码，一个脚本、一个id.txt文件。kegg过程中生成的kegg.txt大概有144条记录，直接使用core的代码基本上是跑不到最后的，因此为了方便使用封装了一下，添加了异常处理的逻辑，执行遇到error时重试，并将出错的ID写入log。本人不是搞生物的，有关代码的问题可讨论，与生物学相关的范畴就一无所知啦！希望随手一笔能帮助到有需要的人！