PhD thesis

Section1: MSIC

这个工具肯定可以发表，现在就是在想怎么做得系统完全，争取发到高分杂志上，做成爆款，吸引引用。

如何处理raw data，从测序数据到表达矩阵；

如何normalisation？表达矩阵的confounder的去除；dropout的矫正（cell & NC，用ERCC来评估）；

batch effect的矫正；

如何做聚类？我的MSIC极有可能成为主流！

如何做分化路径推测？RNA velocity似乎做得最好！评测。

后续的高级分析

Section2: application

第一篇应用应该能在今年内发表，手头还有数据，后面还有大文章。

##log

2018年08月10日

今天elly说要投CSC，看了她写的manuscript，确实很厉害！

她顺便发了两篇method的文章给我，一篇nature，一篇cell，没想到现在方法类文章能发得这么高！

看完这两篇文章，我自己有种想发CNS的冲动，虽然我自认为我现在开发的MSIC足够nb，但想发CNS还是远远不够的，同样是方法文章，为什么有的只能发小文章，有的却可以发在CNS？

又激起了我系统的搞单细胞的冲动。

既然是系统性的，那就都可以写到PhD论文里了，看怎么设计。最好是每一部分都可以发表，这样答辩时就会很轻松。

看看卡洛琳斯卡的博士论文！