• Curso organizado para o III Simpósio Norte e Nordeste de Bioinformática na UFPE

O Sequenciamento de Nova Geração (NGS) tem possibilitado uma produção sem precedentes de dados genéticos. A análise subsequente desses dados, em busca de variantes genéticas que possam estar associadas a determinado fenótipo, é um importante passo para novas alternativas de diagnóstico e tratamento personalizado de pacientes. Este minicurso visa introduzir como é feito o tratamento dos dados de NGS advindos de DNA humano por meio de ferramentas de bioinformática, passando pelas etapas de análise de qualidade, alinhamento, chamada e anotação de variantes.

• Link para os slides

$ sudo apt-get install git-all

Para mais informações e outros sistemas operacionais, clique aqui

1. Vá para uma pasta onde queira deixar este repositório;
2. Use o comando abaixo:

$ git clone https://github.com/genomika/snnbcourse.git 

• Link ensinando como instalar

Faça a instalação do Docker de acordo com o seu sistema operacional:

• Windows (Para usar o Docker no Windows, use o Cmder para emular um terminal)
• Ubuntu
• Mac

As instalações de outros sistemas operacionais podem ser encontradas aqui.

Após a instalação, faça download da imagem do curso.

$ docker pull wildergalvao/gnmk-snnb

Vá para o diretório do repositório do curso, e depois crie um container com a imagem baixada, utilizando o seguinte comando:

$ docker container run --rm -it -v $(pwd):/curso-genomika-snnb/snnbcourse wildergalvao/gnmk-snnb

No final, será criado um container com todos os softwares necessários para a execução prática do curso já instalados.

• In-depth NGS Data Analysis Course
• Applied Computational Genomics Course at UU: Spring 2018
• JHU EN.601.749: Computational Genomics: Applied Comparative Genomics
• NGS course by @imedina - http://www.ngscourse.org/
• Computational Genomics by Ben Lang
• Wrangling Genomics - https://datacarpentry.org/wrangling-genomics/
• I Workshop de Verão de Bioinformática pela Genomika
• Introduction to second generation NGS data analysis

[email protected] [email protected]