Файл bioinf.ipynb содержит скрипт, разделенный на блоки, который позволяет проектировать потенциально иммуногенные пептиды из белковой структуры. Скрипт загружает структуру белка из файла, определяет место разреза и находит доступную область в белке. Затем генерируются кандидатские пептиды различной длины в этой области, вычисляется их иммуногенность и фильтруются уже известные антигенные мотивы. Далее оптимизируются последовательности пептидов на основе их иммуногенности и выбираются лучшие пептиды для вывода на экран.

Скрипт позволяет варьировать следующие параметры:

• file_path - путь к файлу структуры белка.
• site_sequence - последовательность аминокислот, которую нужно разрезать для генерации пептидов (взял из статьи art.pdf).
• sasa_threshold - пороговое значение для вычисления доступных областей в структуре белка.
• peptide_length_range - диапазон возможных длин пептидов.
• known_antigenic_motifs - известные антигенные мотивы, которые нужно исключить из генерации пептидов.
• top_n - число лучших пептидов, которые нужно выбрать для оптимизации.

Для дальнейшего анализа линейных последовательностей предлагаю использовать AlphaFold2 для перевода их в формат pdb. Затем, через obabel, можно конвертировать pdb в pdbqt и загрузить полученные файлы в папку docking/ligands. (можно как скрипт сделать)

Структуру белка в формате pdbqt следует поместить в папку receptors. Структуру пептидов в формате pdbqt следует поместить в папку ligands. Далее можно запустить скрипт Vina, который создаст файлы конфигурации для AutodockVina и запустит молекулярный докинг. может быть нужна ручная настройка

Полученные результаты можно проанализировать. Также можно провести дополнительное исследование молекулярной динамики.